软骨鱼纲:鲨鱼和鳐鱼

最早的鲨鱼(类软骨鱼纲)最早出现在大约4亿年前的早泥盆世，到泥盆世末期变得相当突出，直到今天仍然很活跃。早泥盆纪的两目原始鲨鱼状鱼类Cladoselachiformes和在二叠纪末期，大约在2.51亿年前灭绝，而淡水目Xenacanthiformes一直持续到三叠纪末期，大约2亿年前。最后的泥盆纪目，异齿形目，仍然有存活的成员。

现代鲨鱼和射线在侏罗纪大约在2亿到1.455亿年前，可能来自一个更古老的群体，hybodon鲨鱼。据推测，在泥盆纪末期，海相的克拉多achian衍生出了hybodon Heterodontiformes。这些都有盾皮鱼两栖动物的颚部，但有更有效率的成对鳍。人们认为是这些低棘衍生出了有生命的但古老的mollusk-eating杰克逊港鲨鱼(heterodonts)。现存的(但古老的)六边形鲨鱼之间的关系是未知的。现代selachia的三个主要目- Carcharhiniformes(地鲨)和Lamniformes(鲭鲨)和鳐形目（溜冰鞋和射线)——出现在侏罗纪时期。他们的特点是一个hyostyic下巴(其中关节只涉及舌骨)，这一改进使颌骨具有更大的灵活性，也是现代萨拉奇亚目捕食方法的一个重要特征。

溜冰鞋而且射线从侏罗纪时期生活在海底的鲨鱼祖先进化而来。现代鲨鱼、鳐鱼和鳐鱼的主要进化和多样化发生在古代白垩纪而且新生代．因此，随着硬骨鱼类的鱼类(下文将讨论)、大多数幸存的鲨鱼、鳐鱼和鳐鱼基本上都是相对较近的起源，它们的主要进化辐射发生在侏罗纪时期。

Holocephali

holocephali类嵌合体它们的现代幸存者被称为鼠鱼，首次出现在晚泥盆纪，但在泥盆纪最常见和多样化中生代．在已知的七个目中，只有一个在6550万年前的白垩纪末期存活了下来。虽然没有很多现代的物种在已知的嵌合体中，它们有时是相对的丰富的在它们的深海栖息地。

这些鱼类之间的关系尚不清楚。有人提出它们与泥盆纪ptyctodon arthrodires有关，它们具有嵌合体状的形状和骨盆扣环。也有人认为他们与Selachii有密切的关系，因为selachians和holoceph利人都有许多共同的特征，如扁平鳞片，骨盆扣环，以及没有真骨。有人认为，无论是全头教徒和selachians是有关的棘索人的基础上鳃弓结构。需要进一步的证据来解决它们的分类和关系问题。

肉鳍鱼类:fleshy-finned鱼

肉尾鱼纲的鱼类起源极其古老，它们的第一批遗骸出现在德国的下泥盆世地层中。一些权威人士认为rhipidistians在泥盆纪末期出现了两栖类;然而，其他权威人士认为四足动物是从另外两个类群之一进化而来的可能实施还有肺鱼。棘鱼在大约1.2亿年后，二叠纪开始时灭绝了，但腔棘鱼和背棘鱼幸存了下来，尽管数量很少。原始的肌肉龙有几个相似之处，支持了他们有共同祖先的观点。祖先的性质仍然是个谜。肉鳍鱼可能是从未知的志留纪下颚淡水鱼进化而来的，这些鱼类可能也是放线鳍鱼的祖先。

一些权威人士支持这种观点rhipidistiancrossopterygians在中泥盆纪的淡水中，为了适应季节性干旱的栖息地，一些动物进化出了足够强壮和灵活的胸骨和盆腔附属物，使它们能够离开干燥的池塘去寻找那些有水的池塘。矛盾的是，陆生两栖动物最初是为了在水中生存而出现的。

晚泥盆世早期腔棘鱼是小型淡水和近岸鱼类，直到晚二叠纪和三叠纪，腔棘鱼才成为海洋鱼类，体型越来越大，越来越多多样化的．它们在白垩纪之后才被称为化石，因此，1938年在东部海岸120米(约390英尺)深的地方拍摄到一个160厘米(63英寸)的活标本是一个很大的惊喜南非．第二次生活腔棘鱼该物种于1997年在印度尼西亚苏拉威西岛被发现。

dipnoans最早出现于早泥盆世有区别的那时。直到三叠纪末期，它们的数量才大幅减少。现代澳大利亚人肺鱼与三叠纪的一种形态差别不大现存的南美肺鱼，特别是非洲肺鱼是细长的，专门的鱼，适应在或多或少一年生的池塘中生活和生存。