排泄器官
主要排泄器官在鱼类和其他脊椎动物中，是肾脏．在鱼类中，一些排泄也发生在消化道皮肤，尤其是鳃(在那里氨被释放)。与陆生脊椎动物相比，鱼类在维持体内营养方面有一个特殊的问题环境在一定浓度的水和溶解物质，如盐。内部环境的适当平衡(体内平衡鱼的大部分机能是靠排泄系统，尤其是肾脏来维持的。
肾脏、鳃和皮肤在维持鱼的内部环境和检查药物的作用方面起着重要的作用渗透．海鱼所生活的环境中，它们周围的水的盐分浓度高于它们体内的盐分浓度，但它们仍能维持生命。另一方面，淡水鱼生活在比它们体内所需盐浓度低得多的水中。渗透倾向于促进海水鱼体内水分的流失和淡水鱼体内水分的吸收。粘液在皮肤上往往会减缓这一过程，但不是足够的防止液体通过渗透性皮肤流动的屏障。当渗透膜两侧的溶液中溶解物质的浓度不同时，水会穿过膜进入浓度较高的溶液中，而溶解的化学物质则进入浓度较低的区域(扩散）.
就体重而言，淡水鱼的肾脏往往比海鱼的肾脏大。在这两种鱼类中，肾脏都会排出体内的废物，但淡水鱼的肾脏也会排出大量的水，抵消通过皮肤吸收的水。淡水鱼容易流失盐分到环境中，必须补充盐分。它们从食物中得到一些盐，但是鱼鳃和鱼皮里面口积极吸收从嘴里流出的水中的盐分。这种吸收是由特殊的细胞来完成的，这种细胞能够将盐移动到扩散梯度。淡水鱼只喝很少的水，吃东西时也只摄入很少的水。
海鱼必须保存水分，因此它们的肾脏排出的水分很少。为了保持体内水分平衡，海鱼会喝大量的海水，保留大部分水分，排出盐分。海鱼体内的大多数含氮废物似乎是由鳃分泌的氨。海鱼可以通过鳃中的特殊细胞(氯细胞)群排泄盐。
有几种硬骨纲动物，例如大马哈鱼-在淡水和海水之间流动，必须适应渗透作用的逆转梯度．它们通过在中间的微咸环境中呆上一段时间(通常很少)来调整自己的生理过程。
海洋八目鳗类鱼在美国，鲨鱼和鳐鱼血液中的渗透浓度大约等于海水，因此不需要喝水，也不需要进行太多的生理活动来维持渗透平衡。在鲨鱼和鳐鱼中，由于尿素滞留在血液中，渗透浓度保持在较高水平。淡水鲨鱼血液中的尿素浓度较低。
内分泌腺
内分泌腺分泌它们的产物进入血液和身体组织，并与中枢神经系统，控制和调节多种身体功能。圆口鱼有一个发育良好的内分泌系统，想必它在早期发育良好动物是现代鱼类的祖先。虽然鱼类的内分泌系统与高等脊椎动物的内分泌系统相似，但在细节上有许多不同之处。脑垂体，甲状腺，肾上腺，肾上腺胰腺胰岛、性腺(卵巢和睾丸)、肠道内壁和生殖器官后鳃腺弥补内分泌系统在鱼类。还有一些其他的功能还没有被很好地理解。这些器官调节性活动和生殖、生长、渗透压、一般的代谢活动，如脂肪的储存和食物的利用，血压，以及肤色的某些方面。其中许多活动也在一定程度上由中央控制神经系统，它与内分泌系统一起维持鱼的生命。内分泌系统的某些部分是发育的，无疑是进化的，源自于神经系统．
神经系统和感觉器官
与所有脊椎动物一样，鱼类的神经系统是协调身体活动的主要机制集成这些活动以适当的方式伴随刺激而来环境．中枢神经系统，由大脑和脊髓，是主要的整合机制。的外围神经系统由连接大脑和脊髓与各种身体器官的神经组成，它将感觉信息从特殊的感受器如眼睛、内耳、鼻孔(嗅觉)、味觉腺和其他器官传递到大脑和脊髓的整合中心。外周神经系统也通过不同的神经细胞从大脑和脊髓的整合中心传递信息。这种编码信息被携带到各种器官和身体系统，如骨骼肌肉系统，用于适当的反应:对原始的外部或内部刺激作出反应的动作神经系统的另一个分支是自主神经系统它有助于协调许多腺体和器官的活动，而且它本身与大脑的整合中心紧密相连。
鱼的大脑被分成几个解剖和功能上紧密相连的部分，但每个部分都是整合特定类型的反应和活动的主要中心。这些中心或部分中的几个主要与一种类型的感觉感知:视觉、听觉或知觉气味(嗅觉)。
嗅觉
嗅觉对几乎所有的鱼类都很重要。某些鳗鱼小眼睛主要依靠嗅觉来定位食物。的嗅觉鱼的鼻器官，或鼻，位于鼻子的背表面。鼻器官的内层有特殊的感觉细胞，可以感知溶解在水中的化学物质，如食物中的物质，并通过鼻腔将感觉信息发送到大脑颅神经．气味也可以作为警报系统。各种鱼，尤指各种各样的鱼物种淡水鲦鱼，对同类受伤成员皮肤释放出的化学物质做出警报反应。
味道
许多鱼类的味觉都很发达，它们的口腔里不仅有微小的凹坑状味蕾或器官，而且在头部和身体的某些部位也有。鲶鱼它们的视力通常很差，长有触须(“胡须”)补充味觉器官，也就是口腔周围的味觉器官积极地用来寻找底部的食物。一些天生失明的洞穴鱼的味蕾特别丰富，通常覆盖了它们身体的大部分表面。
视线
视力对大多数鱼类都极为重要。鱼的眼睛基本上和所有其他脊椎动物的眼睛一样，但鱼的眼睛在结构和结构上非常不同适应．一般来说，生活在黑暗和昏暗的水中栖息地的鱼类眼睛都很大，除非它们有某种补偿性的特殊功能，使另一种感官(如嗅觉)占主导地位，在这种情况下，眼睛往往会缩小。生活在明亮浅水中的鱼类通常有相对较小但有效的眼睛。圆口动物的数量要少一些精心制作的眼睛比其他鱼类的眼睛要长，皮肤覆盖在眼球上，这可能使它们的视力不那么有效。大多数鱼都有一个球形的镜头并且通过移动眼球内的晶状体来调整他们的视野，使其能看清或远或近的物体。几鲨鱼通过改变晶状体的形状来适应，如陆地脊椎动物。那些严重依赖眼睛的鱼类有特别强壮的肌肉来适应环境。大多数鱼类的视力都很好，尽管经常受到水的浑浊和光线折射的限制。
化石证据表明，鱼类在3亿多年前就进化出了色觉，但并非所有现存的鱼类都保留了这种能力。实验证据表明，许多浅水鱼类，如果不是全部，具有彩色视觉有些颜色它们看得特别清楚，但有些生活在海底的岸鱼生活在水深足以过滤掉大部分颜色(如果不是所有颜色的话)的地方，这些鱼显然看不到颜色。当在浅水中进行测试时，它们显然对颜色差异没有反应。
听力
声音感知和平衡在鱼身上是密切相关的感觉。器官听力完全在内部，位于头骨内，在大脑的两侧，有点在眼睛后面。声波，尤其是那些低频率的声波，很容易在水中传播，直接撞击头部和身体的骨骼和液体传播听觉器官。鱼很容易对声音做出反应;例如，鳟鱼一旦有渔民靠近，它就会习惯性地逃跑，即使它看不到渔民，也会在察觉到岸边有脚步声时逃跑。然而，与人类相比，鱼类听到的声音频率范围受到很大限制。许多鱼类通过在它们的鱼鳔里发出声音、在它们的喉咙里发出刺耳的牙齿以及其他方式来相互交流。
其他感官(触觉、疼痛和特殊感官)
鱼或其他脊椎动物很少人需要依靠单一类型的感官信息来确定周围环境的性质。一个鲶鱼使用味觉和触觉时，检查食物对象与它的口舌。像大多数其他动物一样，鱼的体表上有许多触觉感受器。疼痛和温度感受器也存在于鱼类中，可能对鱼类和对人类产生相同的信息。鱼的反应是消极的刺激那对人类来说是痛苦的，说明他们有一种感觉疼痛．
一个重要的感觉系统在鱼类中所没有的是其他脊椎动物(除了一些两栖动物)侧线系统．它由一系列高度神经支配的小管组成，这些小管位于眼睛周围的皮肤和骨骼中，沿着眼睛的下部下巴从头部到身体中部，在那里它与鳞片有关。沿着这些管道间歇性地分布着微小的感觉器官(凹坑器官)，它们能明显地探测到压力的变化。该系统使鱼能够感知水流和压力的变化，从而帮助鱼适应物理环境中发生的各种变化。