头骨和齿列
几个子类和目的头骨在下面提到的方式上有所不同。除了头骨侧面开口的差异以及一般形状和大小的差异外，爬行动物头骨最显著的差异是影响头骨内运动的差异。
作为一个群体，爬行动物的头骨不同于早期两栖动物的头骨。爬行动物没有耳部凹痕(头骨后部的凹痕)，在头骨顶部后部也没有几块小骨头。现代爬行动物的头骨在许多方面也与哺乳动物的头骨明显不同，但最明显的差异出现在下部下巴和相邻地区。爬行动物的下颚有许多骨头，其中只有一种是熊骨牙齿．在牙齿后面有一块小骨，即关节骨，与头骨后部附近的方骨形成一个关节。相比之下，下颌哺乳动物是由一根单一的骨头组成的，牙齿;关节和方骨已经成为中间小骨链的一部分耳朵．这两种完全不同的排列方式之间几乎完全的转变是从早期下孔目化石中得知的兽孔目）.
大多数爬行动物的齿列在一排牙齿上几乎没有特化。一种将一组牙齿分成独特的刀片状门齿、长牙状犬齿和平顶磨牙的齿列，哺乳动物中有，爬行动物中没有相反，整个齿排通常由长圆锥形齿组成。毒蛇有一条或多条空心或者是有凹槽的尖牙，但它们的形状和大多数一样蛇牙齿。不同物种之间的主要区别在于牙齿的数量、长度和位置。现存的鳄鱼和灭绝的恐龙都只有一排上下牙。蛇和许多已经灭绝的爬行类动物在腭骨(犁骨、腭骨、翼骨)和上颌骨(上颌骨前、上颌骨)上都有牙齿。然而，下颚上只有一排牙齿。
蜥蜴有锥形或叶片状的二尖或三尖齿。一些物种在下颚的前部有锥形的牙齿牙牙齿朝后，但后者在形式或功能上都无法与哺乳动物的臼齿相比。(它们既不是平头的，也不是用来磨食物的。)除了最早灭绝的种类外，海龟都没有牙齿。相反，它们有上下角状的盘子，用来咬下大块的食物。
爬行动物的牙齿在功能上也不如哺乳动物的牙齿专门。更大的肉食性的爬行动物只会撕下或咬下猎物的大块，然后不加咀嚼地吞下。食虫蜥蜴构成绝大多数的蜥蜴，通常都有裂纹外骨骼他们的昆虫猎物，然后它们不磨碎就把猎物吞下去。蛇只是简单地将猎物整个吞下，没有任何机械复位，尽管刺穿的伤口允许消化酶进入猎物体内提供帮助消化．
许多爬行动物在头骨内发展出关节(除了下颚的铰链)，允许一个部分相对于其他部分轻微运动。头骨内这种运动的能力，称为运动能力，使人能够动物张大嘴巴，因此是一种适应用于吞咽较大的物体。显然是一些大型食肉动物兽脚亚目食肉恐龙恐龙(例如异特龙)在头骨顶部的额骨和顶骨之间有一个关节。鳞翅目的所有爬行动物(蜥蜴，蛇和大蜥蜴)有运动头骨，但与恐龙不同的是，鳞翅目恐龙头骨底部的关节位于基状骨和翼状骨的交界处。
随着新群体的进化，鳞翅目恐龙的头骨变得越来越有活力。蝶骨症(包括活大蜥蜴［冈])及他们的先行词而鼻翼类只有基蝶-翼状关节。蜥蜴失去了下颞骨，从而解放了方骨，并允许下颌更大的活动，它与方骨相连。最后，在蛇在美国，这种趋势在脊椎动物中最活跃的头骨上达到顶峰。蛇的头骨拥有祖先的基表型翼状关节，一个高度可移动的方形关节(这使下颌具有更大的灵活性)，上颌能够在纵向轴上旋转，并向前和向后移动。许多种类的蛇在头骨顶部的鼻骨和额骨之间也有一个铰链，可以让鼻子稍微抬起。简而言之，蛇头骨中唯一不能移动的部分是脑壳。
神经系统
和所有脊椎动物一样，爬行动物的神经系统由神经系统组成大脑,一个脊髓神经脐带，大脑的神经或者脊髓，以及感觉器官。与哺乳动物相比，爬行动物的大脑相对较小。这两者大脑最重要的区别脊椎动物群体的大小在于大脑半球大脑的主要联想中心。这些半球构成了哺乳动物大脑的大部分，从上面看，几乎隐藏了大脑的其余部分。在爬行动物中，脊椎的相对和绝对大小脑半球要小得多。蛇的大脑和鳄鱼表格少于1⁄1500年而在哺乳动物中，比如松鼠和猫大脑占了大约1/One hundred.体重。