神经系统感觉器官

背侧位置，管状结构，和表皮起源中枢神经系统脊索动物是确定的，尽管有些人可能看到相似的半脊索动物。感觉结构是脊索动物独特的，包括成对的鼻、视和耳部器官(以及强有区别的头)。

鼻囊在不同程度上向环境作为化学感受器，它的感觉细胞与口腔味蕾中的感觉细胞没有什么不同。眼睛是最复杂的器官头部和外侧的外袋的前端大脑管。后来它获得了起源于表皮的晶状体。聚焦眼睛的行为(适应)显示了不同脊椎动物群体之间广泛的适应性变化。

小囊开始于由外胚层基板内陷形成的一个简单的囊。这些发育变化还包括神经支配的变化。而最初的结构基本上是平衡适应，其他功能，如运动意识或猎物接近的感觉，也得到了发展。

由管道和感觉器官组成的侧线系统是脊椎动物的独特特征。这个系统的元素在头部和身体上都有。这个系统与耳朵大概它的起源也有类似的功能。这个系统在陆地脊椎动物中消失了。

消化系统

脊椎动物的消化系统在结构上有独特之处，但在功能上没有。嘴和咽可以被认为是这个系统的一部分;后者作为一个扩大的腔在头部是无法比拟的任何其他组。胃和肠道已经在上面讨论过了。

据推测，消化腺的原始状态是腹侧憩室，它可能将食物块接收到它的腔内。此憩室，与所见憩室相匹配文昌鱼或“肠”有被膜的，产生肝脏和胰腺的分泌物(类胆汁和酶)。随着时间的推移，肝脏逐渐变好有区别的来自胰腺。肝脏与肠道的大小和分离表明其独立的血液和代谢活动。肝脏最明显的副产品，胆汁，必须形成肝胆囊还有一个导管和内脏相连。相比之下，胰腺继续产生消化酶，但其分泌细胞不再与食物团块直接接触。因为胰腺只是肠道消化酶的部分来源，它有时会缩小并被包围在肠壁本身(agnaths)或分散为支持肠道的肠系膜的微小组织(actinopteryans)。

排泄系统

排泄系统的独特之处在于它的肾元，它过滤肾小球中的血液，并通过选择性分泌和再吸收将各种废物从体内清除。在鲨鱼或者是腔棘鱼矛尾鱼，尿素被用来将血液的渗透压提高到海洋栖息地的水平，从而为这些生物节省了大量的代谢能量。的大肠(有时以直肠腺体为中心)起作用辅助排泄器官，如鱼类的鳃或哺乳动物的汗腺

呼吸和气体交换

呼吸和排泄一样，涉及特殊的身体结构，如肺或鳃，但也可能涉及其他区域，如皮肤本身。呼吸包括机体与环境之间以及血液系统与身体组织之间的气体交换。它还包括细胞呼吸在哪里使用氧气二氧化碳生产。什么都没有特征脊椎动物:在这个功能区域的脊椎动物;甚至血液中的血红蛋白也存在于其他动物的呼吸色素中。

循环系统

的循环系统脊椎动物是封闭的，液体流经血管，但细胞可以自由进出血液。在所有组织中都能观察到一些白细胞(白细胞)从毛细血管中移动和液体泄漏。血液组织在特化细胞的范围上是独特的，尽管这些细胞在动物之间的细节有所不同。血液的免疫功能在脊椎动物中发展得最好。

内分泌系统

的内分泌系统以其独立的器官为特征。脑下垂体或脑下垂体的出现甲状腺暗示了在这个群体中发生的进化变化和专业化。该系统某些部分的相对非特化性质可以在肠壁的某些分散细胞甚至胰腺的胰岛细胞团块中看到。