列奥纳多·达芬奇的第二佛罗伦萨时期(1500-08年)

1499年12月，或者最迟在1500年1月——在法国人胜利进入米兰后不久——达·芬奇在数学家卢卡斯·帕西奥利的陪伴下离开了米兰。在访问曼图亚1500年2月，3月他开始威尼斯，在那里Signoria(管理委员会)就如何抵御土耳其在弗留利的入侵向他寻求建议。莱昂纳多建议他们准备淹没受威胁的地区。他从威尼斯返回弗洛伦斯在离开了很长一段时间后，他在美国受到了热烈的欢迎，被尊为著名的本土儿子。同年，他被任命为一个委员会的建筑专家，调查教堂地基和结构的损坏情况圣弗朗西斯科艾尔蒙特。作为桑提西玛·阿农齐亚塔修道院的仆人修会的客人，莱昂纳多似乎更专注于数学研究绘画伊莎贝拉·德埃斯特(Isabella d 'Este)曾试图获得他的一幅画，但没有成功，她在佛罗伦萨的代表弗拉·彼得罗·努瓦拉里亚(Fra Pietro Nuvolaria)告诉了她。

也许是因为他对生活的杂食欲望，达·芬奇在1502年夏天离开了佛罗伦萨，开始为恺撒·博尔吉亚作为“高级军事建筑师和总工程师。”博尔吉亚,臭名昭著的的儿子教皇亚历山大六世作为教皇军队的总司令，他以前所未有的冷酷无情寻求对罗马帝国的控制教皇国罗马涅和马奇当他接受莱昂纳多的服务时，他正处于权力的巅峰，27岁的他无疑是他那个时代最令人信服和最令人恐惧的人。年龄是他两倍的达芬奇一定被他的个性迷住了。在10个月的时间里，达芬奇走遍了雇佣兵的领地，并对它们进行了调查。在他的活动过程中，他绘制了一些城市规划和地形图，创造了现代方面的早期例子制图学．在凯撒·波吉亚的宫廷里，达芬奇也见过面尼科洛•马基雅维里他曾作为佛罗伦萨市的政治观察员暂时驻扎在那里。

1503年春天，达·芬奇回到佛罗伦萨，对一项试图改变罗马帝国的工程进行专家调查亚诺河后面比萨于是城，遂下围攻被佛罗伦萨人剥夺了出海口这个计划被证明是行不通的，但列奥纳多的活动促使他考虑了一个计划，这个计划最初是在13世纪提出的，建造一条大运河，绕过不可航行的亚诺河，通过水路将佛罗伦萨与大海连接起来。列奥纳多在一系列研究中发展了他的想法;利用他自己的河岸全景图，可以被视为极具艺术魅力的风景草图，并使用精确的地形测量，他制作了一幅地图其中运河的路线(与它的交通穿过Serravalle山口)。在随后的几个世纪里，这个项目被考虑了一次又一次，但一直没有实施，但几个世纪后，从佛罗伦萨到大海的高速公路就在达芬奇为运河选择的路线上建造了。

同样在1503年，列奥纳多得到了一项宝贵的委托，要他画一幅壁画佛罗伦萨的议会大厅维琪；这是一个巨大的历史场景(23 × 56英尺[7 × 17米])，是这座雕像的两倍大最后的晚餐)．他为此研究了三年安希亚里之战；就像它的互补画一样，米开朗基罗的卡斯卡娜之战在美国，它仍未完工。在这几年里，达芬奇画了蒙娜丽莎(c。1503 - 19)。(欲了解更多作品分析，见下文的蒙娜丽莎以及其他作品．)

第二个佛罗伦萨时期也是密集的科学研究时期。列奥纳多在圣玛丽亚诺瓦医院做了解剖，拓宽了他的解剖工作到一个全面的人体结构学对人体组织结构和功能的研究他对鸟类的飞行进行了系统的观察，并为此计划了一个计划论文．即使是他的水文研究，“关于水的性质和运动”，也扩大到对水的物理性质的研究，特别是水流的规律，他将其与空气的规律进行了比较。这些也被记录在他自己收集的数据中，包含在所谓的法典锤(以前被称为法典锤)中莱斯特法典，现在归软件所有企业家比尔盖茨在美国华盛顿州西雅图)。

第二米兰时期(1508-13)

1506年5月，法国总督查尔斯·丹布瓦斯米兰他问佛罗伦萨的老板莱昂纳多能否去米兰。Signoria让达芬奇走了，还有纪念碑安希亚里之战仍未完成。不成功的绘画技术实验似乎迫使达芬奇停止了壁画的创作;否则就无法解释他为何放弃了这部伟大的作品。1507-08年冬天，达芬奇去了佛罗伦萨，在那里他帮助雕刻家乔瓦尼·弗朗西斯科·鲁斯蒂奇完成他的作品青铜佛罗伦萨洗礼堂的雕像，之后他定居在米兰。

他在米兰受到了慷慨的赞助人的尊敬和赞赏，Charles d 'Amboise和路易十二列奥纳多喜欢他的工作，主要局限于在建筑方面提供建议。有形的这种工作的证据存在于查尔斯的一座宫殿别墅的计划中，据信他为圣玛丽亚丰塔纳教堂的演讲厅画了一些草图，这是查尔斯资助的。列奥纳多还研究了法国总督复兴的一个老项目:巴黎歌剧院加入河将米兰和科莫湖通过水。

在米兰的第二段时间里，列奥纳多作为画家创作得很少。李奥纳多再次把学生聚集在他周围。他的长辈门徒这时，贝纳迪诺·德·孔蒂和萨莱又来到了他的画室;新学生来了，其中有塞萨雷·达·塞斯托，吉安彼得里诺，贝纳迪诺Luini和年轻的贵族弗朗切斯科•梅尔齐他是达芬奇生前最忠实的朋友和伙伴。

在此期间，达·芬奇接到了一项重要的委托。吉安·贾科莫·特里沃齐奥以法军元帅的身份凯旋回到米兰，成为法国的死敌ludovicosforza．他委托列奥纳多雕刻他的坟墓，这是一个形状马术雕像将被放置在由Trivulzio捐赠给San Nazaro Maggiore教堂的太平间礼拜堂。纪念碑的准备工作持续了数年，许多重要的草图保存了下来，元帅本人放弃了这个计划，选择了一个更温和的计划。这是列奥纳多作为雕塑家面临的第二次流产的项目。

列奥纳多的科学活动在这一时期蓬勃发展。他的研究解剖学在他与法国著名解剖学家Marcantonio della Torre的合作中，实现了一个新的维度帕维亚．列奥纳多概述了一个整体工作的计划，不仅包括精确、详细的复制品人体还有它的器官，还包括比较解剖学以及整个领域生理学．他甚至计划在1510 - 1511年冬天完成他的解剖学手稿。除此之外，他的手稿充满了数学、光学、机械、地质和植物学的研究。这些调查越来越受到一个中心思想的推动信念力和运动作为基本的机械功能，在有机和无机自然界中产生一切外在形式，并赋予它们形状。此外，他认为这些功能力量是按照有序、和谐的规律运作的。