文昌鱼是脊索动物中最原始的一种。文昌鱼很少超过3英寸(8厘米)长，在外观上它们像小而细长的鱼，没有眼睛或明确的头部。它们是脊索动物门头脊索动物亚门的无脊椎动物，广泛分布在世界较温暖地区的沿海水域，在温带水域不太常见。
文文鱼由于存在脊索(或硬杆)、鳃缝和背神经索而被分类为脊索动物。这些特征在幼虫和成虫形态中都有。脊索从身体的一端贯穿到另一端，提供一个中心支撑。神经索的前端或“头”端有轻微隆起，但没有大脑。由于没有明显的心脏，血液沿着动物的腹侧或腹部向前流动，沿着背部或背部向后流动。
虽然文昌鱼会游泳，但它们大部分时间都埋在海底的砾石或泥浆中。这种动物的身体两端呈锥形，被一层叫做角质层的细胞保护层覆盖，身体的快速移动使它能够在泥浆中钻洞。进食时，它们会让身体的前段伸出砂砾表面，这样它们就能从流经鳃缝的水中过滤食物颗粒。与其他脊索动物不同，文陶鱼能够进行一种被称为吞噬作用的消化过程，在这个过程中，食物颗粒被单个细胞吞噬。
晚上，它们经常在水底附近游泳。这种动物通过收缩身体两侧从头到尾运行的肌肉块或肌断来游泳。每一边的积木是交错的，在游泳时产生身体的左右运动。文昌鱼没有浮力，当它们停止游动时，它们很快就下沉了。
雄性文昌鱼和雌性文昌鱼在外表上是相同的，内部只在生殖腺体的性质上有所不同。在热带地区一年繁殖几次，而在温带地区只繁殖一次。含有卵子或精子的囊体破裂，并通过身体下方的开口将其内容物排入水中。受精在水中进行，大约两天后，幼虫从受精卵发育而来。幼虫随着洋流漂流，直到达到一定大小，蜕变成成虫。然后这些动物就会沉到水底，生活在沙砾中。
文昌鱼在过滤水方面很有用。在它们丰富的地区，水通常是干净的。在中国的部分沿海地区，它们数量众多，构成了渔业的基础。目前还没有发现可以明确归类为文昌鱼的化石。现代分类完全基于对生物形态的研究。
