苏联占领

虽然西部的战争仍不确定，但苏联严格遵守其基地的限制，并集中攻击芬兰美国也被划入苏联的势力范围，但拒绝签署互助条约。法国的沦陷改变了这种局面。1940年6月15日，巴黎沦陷那天，约瑟夫·斯大林提出了最后通牒立陶宛准许不限数量的军队，并组成一个为人民所接受的政府苏联立陶宛在那一天被占领。斯梅托纳总统逃往德国，建立了“人民政府”。在接下来的两天里，情况类似最后通牒被介绍给拉脱维亚而且爱沙尼亚，两者都经历了相似的命运。

苏维埃化行动迅速，几乎没有考虑到三个国家的现行宪法。被取缔的共产主义政党，其成员极其稀少，成为了主要的政治力量。7月14日至15日，新的苏联政权组织了人民议会选举，只有一个候选人出现。新的议会立即以鼓掌方式投票，要求他们的国家加入苏联。1940年8月初，苏联最高苏维埃“接受”了这些要求

国家和社会生活迅速调整，以适应苏联模式。财产被广泛国有化。最初主要是专业和教育圈子受到影响。不到一年，目标就变成了不加选择的．从1941年6月13日至14日晚开始，大规模驱逐包括妇女和儿童，被送往苏联的北极或沙漠地区。爱沙尼亚损失了大约6万人，拉脱维亚和立陶宛各损失了大约3.5万人。当时驱逐还在进行中德国1941年6月22日进攻苏联

德国占领

波罗的海人认为德国人是解放者。战争爆发的第一天，立陶宛就爆发了起义，临时政府成立了。后来，当德军逼近时里加而且塔林在此期间，人们试图重建国家政府。他们希望德国人能重新建立波罗的海的独立，使复活的国家成为盟友。这样的政治希望，以及归还被没收财产的期望，很快就烟消云散了。德国把波罗的海诸国白俄罗斯(现在的白俄罗斯)成为一个新的领土单位Ostland为此，彻底的德国化并最终并入帝国是设想．波罗的海的合作变得不那么坦率，甚至完全停止。

土著但每个波罗的海国家都建立了几乎无能为力的地方行政机构。除了日常管理之外，他们的主要任务是将波罗的海的资源输送到德国的战争中。为德国资助的各种军事或准军事单位吸引志愿者的尝试只取得了部分成功。在这三个国家都组织了几个由志愿人员组成的武装警察营，在他们的祖国以外提供军事支助。党卫军也就是组建了在东线作战的一线师。爱沙尼亚提供了一个这样的部队，拉脱维亚提供了两个。1944年，立陶宛组建了一支本土防御部队，但由于人员疏离和德国未能履行对组织者的职能承诺，导致该部队实际上被解散。德国政府完全不顾国际公约，宣布强制征兵进入帝国劳务部门。征召这些劳工的努力没有达到预期的结果。

反德反对在波罗的海国家形成了鲜明的对比亲共产主义和民族主义游击运动贯穿整个战争。3000名爱沙尼亚人逃到芬兰，加入了芬兰军队，参加了反对苏联的战争。1943年8月13日，拉脱维亚成立了一个地下民族主义中央委员会。一个类似的1943年11月25日，立陶宛解放最高委员会成立，1944年3月23日，爱沙尼亚共和国地下全国委员会成立。这三个国家通过芬兰和芬兰与外界保持联系瑞典．1944年春夏，两国都遭受了德国的严重镇压。1944年秋天，该地区的大部分地区重新回到了苏联的控制之下。的德国人一直在立陶宛西部，直到1945年初Courland直到1945年5月8日投降。

波罗的海国家的战时损失是历史上最高的欧洲．据估计，战争期间爱沙尼亚的人口损失为25%，拉脱维亚为30%，立陶宛为15%。其中包括1941年苏联对犹太人的驱逐，德国对犹太人的驱逐和灭绝，以及1944-45年间大量犹太人逃往瑞典和德国。据估计，爱沙尼亚因战争和占领而死亡的人数为9万人，拉脱维亚为18万人，立陶宛为25万人。