西班牙人的征服
罗德里戈·德·巴斯蒂达斯首先建立了西班牙的1501年3月，他沿着Darién海岸航行，但没有达成任何协议。一年后克里斯托弗·哥伦布在他的第四次航行中，他从西班牙出发，沿着加勒比海岸航行洪都拉斯湾到巴拿马，积累了大量的信息和少量的黄金，但仍然没有定居。其他来自西班牙的航海家紧随其后，一些人在1509年抓走了当地居民作为奴隶费尔南多V西班牙国王同意了让步为了殖民地区阿隆索·德·奥赫达和迭戈·德·尼库埃萨。由于疾病、海难和敌对的土著居民，他们都遭受了惊人的损失。探险队的残余在一个偷渡者的带领下，瓦斯科Núñez德巴尔博亚早前曾与bastidas一起在Santa María la Antigua del Darién幸存下来，位于Urubá湾，靠近今天的哥伦比亚-巴拿马边界。巴尔博亚把幸存者变成了有纪律的1510年的殖民地。穿过地峡，巴尔博亚发现了“南海”(太平洋)，并宣称其所接触到的所有土地都属于西班牙。巴波亚培养他与印第安人建立了良好的关系，并进行了广泛的勘探，发现了足够的黄金和珍珠，使卡斯蒂利亚德尔奥罗成为新大陆第一个有利可图的殖民地。然而，探险给该地区的印第安人造成了损失，许多人死于欧洲疾病。
任命司法官
国王用一位信任的将军解除了巴尔博亚的职务，佩德罗·阿里亚斯Dávila尽管他允许巴尔博亚继续他在太平洋海岸的探险。然而，佩德罗里亚斯不信任野心勃勃的巴尔博亚，并指控他叛国罪，于1517年将他斩首。Pedrarias扩大殖民地却要为奴役和谋杀印第安人负责，尽管王室下令要更加人道治疗．1519年，他建立了巴拿马城并于1524年迁都到那里，放弃了炎热潮湿的Darién。
佩德罗里亚斯派了一个亲戚，吉尔González Dávila他向北探索，在海岸上发现了文明湖尼加拉瓜．嫉妒的佩德罗里亚斯迫使他逃到圣多明各然而，在西班牙殖民地被种植之前弗朗西斯科Hernández de Córdoba1524年，他在尼加拉瓜湖畔建立了格拉纳达利昂离这里不远马那瓜湖．但当Córdoba试图建立一个独立于巴拿马的王国时，Pedrarias亲自来到尼加拉瓜，并在一年的内战后处死Córdoba。
而Pedrarias和Córdoba征服了下中美洲，征服者墨西哥，赫尔南科尔特斯，向南望去。1524年，他派出Cristóbal de Olid海运到洪都拉斯和Pedro de Alvarado征服陆地危地马拉．Olid建立了Triunfo de la Cruz港口，但立即宣布自己独立于Cortés，这是一种普遍的做法征服者．还有一大群来自墨西哥中部的印第安勇士在此之前还染上了天花疫情在美国，阿尔瓦拉多几乎没有遇到任何反对，直到他抵达危地马拉。在那里，他与Cakchiquel玛雅对抗对手乳蛋饼．据说他在Xelajú，也就是今天的Quezaltenango附近，在白刃战中击败了Quiché首领Tecúm-Umán。阿尔瓦拉多继续征服了皮皮尔萨尔瓦多但卡克奇奎尔人的血腥叛乱又花了四年时间才平息。
在洪都拉斯佩德罗里亚斯(Cortés)和González的势力展开了一场三方斗争，后者回到中美洲，要求佩德罗里亚斯对尼加拉瓜提出主权要求。洪都拉斯金矿的发现使这场斗争更加激烈。Cortés首次发送弗朗西斯科·德·拉斯·卡萨斯去解救反叛的奥里德但随后他自己去了洪都拉斯谴责臭的。然而，在他到达之前，拉斯·卡萨斯和González联合起来反对奥立德，并将他处死。Cortés艰难的洪都拉斯之旅因此被证明是不必要的，但是，在离开之前，他巩固了他对洪都拉斯海岸的控制，建立了纳提维达德港(更名为科尔特斯港在1869年)。忠诚的阿尔瓦拉多巩固了Cortés对洪都拉斯、危地马拉和萨尔瓦多的控制，与佩德罗里亚斯的势力对抗，他们的竞争持续了多年。
阿尔瓦拉多继续参与了对秘鲁和墨西哥北部的征服，同时保留了他在危地马拉的总督职位。独特的是，1541年他在哈利斯科去世时，他的遗孀比阿特丽斯·德拉奎娃接替他成为危地马拉州长，在得知阿尔瓦拉多去世的消息后，危地马拉首都的主要官员选择了她。然而，Doña比阿特丽斯的统治只持续了两天，1541年9月10日，她死于一场大洪水和泥石流摧毁了这座城市。新首都的建设危地马拉圣地亚哥·德洛斯·卡瓦列罗斯(现在的安提瓜,Guat。)，于1543年在几英里外开始。
进一步征服印第安人
印度的阻力延迟征服哥斯达黎加直到1561年胡安·德Cavallón在那里成功地领导了一次殖民探险。虽然他在尼科亚湾地区的定居点无一幸存，但他和他的部下开始了西班牙对哥斯达黎加的永久占领。一年后胡安Vásquez德科罗纳多接任尼加拉瓜和哥斯达黎加总督，并于1564年建立Cartago作为哥斯达黎加中央山谷的政府所在地，这里人口虽少但勤劳。
西班牙对中美洲的统治仅用了相对较少的西班牙军队，但以印第安人的生命为巨大代价。然而，偏远地区，特别是危地马拉北部和加勒比海沿岸，在整个殖民时期都不受西班牙的控制，最终允许英国殖民伯利兹和蚊子海岸尼加拉瓜。
然而，征服并不完全是军事上的。一位多米尼加修士，Bartolomé de Las Casas，做出了显著的努力改善对待中美洲印第安人的方式西班牙人残酷的征服使加勒比的拉斯卡萨斯感到厌恶。他在尼加拉瓜和危地马拉的多米尼加修道院未能给印第安人带来更好的待遇后，他去了危地马拉北部的一个省，试图在没有军事力量的情况下安抚那里。他在这个省的实验，他称之为韦拉帕斯的战争只取得了部分成功，但它成为了他向西班牙王室反对虐待印第安人的论点的基础。由此产生的1542年的新法律开始镇压监护征赋制剥削印度劳工的制度。