秘鲁亚马逊地区
安第斯山脉西部的低坡与亚马逊盆地森林茂密的热带低地合并，形成了亚马逊地区，占秘鲁面积的五分之三以上。在该区域立即发现了一片浓密的云雾森林相邻安第斯山脉。这个区域被称为Montaña;亚马逊东部的丛林地区被称为热带雨林。该地区的地理特征是起伏的丘陵和平坦的平原，向东延伸到边界哥伦比亚，巴西,玻利维亚．海拔都很低，从安第斯山脉东部边缘的3300英尺(1000米)到260英尺(80米)以上海平面沿着亚马逊秘鲁-巴西边境的一条河。
排水
独特的排水模式剖析了科斯塔，塞拉和亚马逊。在从安第斯山脉向西流经科斯塔的50多条河流中，大多数都很短(通常不到200英里[325公里]长)险峻的在美国，河水的流速具有很强的季节性。大多数河流都有一段高峰期(通常在12月至3月的雨季)，随后是很长一段干旱期;只有最大的科斯塔河，如圣诞老人，有可靠的全年流量。
塞拉山脉不仅包含了流向太平洋和亚马逊河的河流的源头，而且还有大面积的内部排水系统。在南部有几条河流穿过阿尔蒂普拉诺高原在秘鲁掏空的的喀喀湖它与玻利维亚共有，海拔12500英尺(3810米)，是世界上最高的可通航体水．
亚马逊是特征在大河旁。的亚马逊它是世界上流量最大的河流，源头在秘鲁安第斯山脉的几个地方;它的主要分支之一是乌卡亚利河它发源于秘鲁南部，距离主要河流交界处约1700英里(2700公里)。亚马逊河是可通航的，但像尼罗河这样的大支流Maranon，Huallaga乌卡亚利只能在港口以西相对较短的距离内航行伊基托斯．这些河流在长而深的山谷中向北流，然后向东汇入亚马逊河，形成了主要的交通障碍，而不是重要的贸易路线。
土壤
秘鲁缺乏肥沃的土壤。在科斯塔地区，大部分河谷都有肥沃的土壤，这些土壤是由从安第斯山脉流出的河流带到沿海平原的淤泥形成的。然而，在一些地区，土地的不当使用导致了沉积减少盐分，从而降低土壤肥力。山谷之间的土壤，主要由风沙形成，也很不发达。在一些高地盆地，Sierra的土壤很肥沃，但山坡上的土壤往往很薄，质量很差。被茂密森林覆盖的低肥力土壤是亚马逊地区的典型特征。
气候
在秘鲁，与三个主要的地形区平行的是三个广泛的气候区:科斯塔、塞拉和亚马逊。
沿海沙漠
从秘鲁-厄瓜多尔边境南向北智利美国西海岸南美拥有地球上最干燥的气候之一该地区干燥有三个原因:(1)安第斯山脉阻挡了来自亚马逊盆地的降雨风;(2)从南太平洋高压系统向海岸移动的气团降水少;(3)海岸外向北流动的冷水秘鲁洋流(也称为洪堡流)对地表气团的水分贡献很小。然而，这并不是炎热的沙漠;科斯塔的平均气温从冬天的66°F(19°C)到夏天的72°F(22°C)。尽管气候干燥，但科斯塔的一些地区仍有气候足够的来自冬季雾(当地称为浓湿雾)以支援一些植物。
山地气候
在Sierra内部有各种各样的气候，根据以下因素而变化纬度、高程、本地风及雨影效果。一般情况下，气温随海拔升高而降低，降水由北向南、由东向西依次减少。在12月至3月的雨季，最大的降水出现在北部和沿安第斯山脉的东部侧翼。温度随季节变化很小，但有一个巨大的日变化范围(在每日的最高和最低之间)。例如，在库斯科在海拔11152英尺(3399米)，1月的平均温度是52°F(11°C)， 7月的平均温度是47°F(8°C)。的日然而，正午最大值和黎明前最小值之间的范围通常超过40°F(22°C)。在海拔较高的山脉有降雪，许多山峰都有终年积雪。
热带森林气候
炎热潮湿的环境是秘鲁东部亚马逊地区气候的特点。整个地区的降雨量都很高(伊基托斯平均每年超过90英寸(2200毫米))，全年都有降水，尽管从12月到3月稍微多一些。温度的季节变化不大，但日变化幅度也比较大。伊基托斯白天的最高温度有时会达到90华氏度(30摄氏度左右)，而晚上的温度可能会下降到60华氏度(15摄氏度以上)。
厄尔尼诺现象
秘鲁气候模式最严重的变化是不规则的，大约每十年左右发生一次。这种变化，通常称为厄尔尼诺现象(“基督之子”，因为它通常开始于圣诞节时间)，只是所谓时间的一小部分南方振荡这是泛太平洋大气和海洋条件的逆转。虽然这一现象的原因还不完全清楚，但在秘鲁的影响是相当清楚的:(1)温水取代了秘鲁流的冷水;(2)沿海沙漠暴雨;(3)南部高原干旱。在1925年、1982-83年和1997 - 98年发生的厄尔尼诺(Niño-such)严重事件造成了生态灾难，包括鸟类和鱼类的大量死亡和对现代环境的巨大破坏基础设施比如道路、运河和农田。