的科索沃冲突
最严重威胁的内部稳定与国际康复塞尔维亚在1990年代末被日益恶化的局势省的科索沃。领袖1989年易卜拉欣Rugova科索沃阿族人,发起了非暴力抗议的省的政策自治。国际的拒绝社区解决科索沃局势在代顿借给Rugova论点的支持更激进的对手;他们要求的改变不能获得通过和平手段。一个新的组织科索沃解放军(解放军),出现在1996年,其零星的袭击塞尔维亚警察和官员不断升级,导致到1998年大量尼卡地区的武装起义。塞尔维亚军事行动重新掌控该地区伴随着暴行,如超过500个村庄的毁灭和杀戮的估计有10000平民,和一些200000难民逃离该地区。在国际社会的关注,但这并未阻止南斯拉夫军队和塞尔维亚部队发动了大规模的进攻科索沃解放军1999年2月。谈判,很快召开朗布依埃,法国解决这一危机,3月随访抛锚了北约空袭塞尔维亚军事目标基础设施。塞尔维亚应对北约行动,然而,是赶走所有的科索沃阿族人,推近900000难民涌入邻国阿尔巴尼亚、马其顿和黑山。
1999年6月,经过数周的空袭,南斯拉夫政府接受了提议为和平所介导的代表俄罗斯和芬兰。联邦军队迅速撤离该地区,连同科索沃塞族平民,而几乎所有的流离失所的科索沃阿族人返回。联合国维和部队是部署该地区,然后置于联合国的管理之下。
联合会塞尔维亚和黑山
在1990年代末分裂分子获得了地面黑山共和国并呼吁从南斯拉夫联邦独立和更大的塞尔维亚的邻居。尽管在黑山独立的普及,国际机构,特别是欧盟(欧盟),认为进一步的政治不稳定南斯拉夫可能会再次引发暴力,特别是在波斯尼亚和黑塞哥维那和科索沃。2001年黑山独立执政联盟宣布将举行全民公投独立,但在2002年哈维尔·索拉纳欧盟外交部长能够阻止的公民投票,南斯拉夫总统之间的代理协议。查Koštunica塞尔维亚,黑山共和国总统。米洛Djukanović,总理Zoran Djindjić维护联盟。协议,更名为国家塞尔维亚和黑山,呼吁两者之间的一个松散的联邦共和国。联邦政府将有管辖权外交和国防政策和协调国际经济关系,但共和国将保留自主权在其他领域。它还允许每个共和国举行独立公投后协议实际上已经三年了。历史性协定在2003年初批准了塞尔维亚,黑山,南斯拉夫议会,南斯拉夫名叫2月一次降级历史纪录上。反过来,塞尔维亚和黑山联合会2006年不复存在。黑山在那一年的春天举行公投,导致其正式宣布独立和分离从塞尔维亚6月3日。