达尔富尔冲突

另一项尚未解决的冲突集中在达尔富尔苏丹西部地区。这场冲突始于2003年，当时反政府武装发动了一场战争起义他们抗议苏丹政府无视西部地区及其非阿拉伯人口。作为回应，政府装备并支持阿拉伯民兵——后来被称为贾贾威德(也叫Jingaweit或Janjawid)——打击达尔富尔的叛军。然而，民兵也对该地区的平民进行恐吓和阻止国际援助组织提供急需的食品和医疗用品。尽管2004年有停火协议，而且非洲联盟到2007年，冲突和随之而来的人道主义危机已经造成数十万人死亡，200多万人流离失所，无论是在国内还是国外，他们被迫逃离战斗。2007年7月31日，联合国安全理事会授权联合国-非盟联合维和特派团(UNAMID)取代联合国维和部队非盟尽管达尔富尔混合行动直到2008年才开始部署部队。

2008年7月国际刑事法院(ICC)检察官所谓巴希尔作为苏丹总统，对达尔富尔危机负有刑事责任。检察官指控巴希尔策划了这起事件种族灭绝在该地区犯下战争罪和反人类罪，并申请了对他的逮捕令;苏丹政府否认了这些指控，并宣布巴希尔是无辜的。2009年3月4日，国际刑事法庭以战争罪和反人类罪而非种族灭绝罪的罪名向巴希尔发出逮捕令。这是国际刑事法院首次寻求逮捕在任国家元首。一年后的7月，巴希尔又被以种族灭绝罪发出逮捕令。

多党选举和南方独立的准备工作

的国际刑事法庭逮捕令似乎没有什么证据轴承在巴希尔2010年4月，他以大约68%的选票再次当选苏丹总统国家的20多年来第一次多党选举。萨尔瓦•基尔他在巴希尔执政期间担任国家第一副总统，2005年约翰·加朗去世后担任苏丹南部半自治政府的总统。他获得近93%的选票，将继续担任总统一职。选举结果因巴希尔的两名主要反对派候选人在选举前退出而蒙上阴影，他们声称已经有迹象表明欺诈一些国际观察员宣称，这次选举没有达到国际标准。

根据2005年《全面和平协议》的条款，2011年1月9日至15日，苏丹南部公民举行了期待已久的南部独立公投。除了一些孤立的暴力事件外，全民投票和平进行，国际观察员宣布投票是可信的，基本上是自由和公正的。原定同时为阿卜耶伊地区居民举行的另一次公民投票，即在后者选择独立的情况下，该地区是属于北方还是南方的一部分，由于在该地区选民资格问题上存在分歧而无限期推迟。

1月底公布的南部独立公投初步结果显示，近99%的选民选择脱离北部;2月份公布的最终结果证实了这一点。随后，苏丹开始为南方定于2011年7月9日脱离苏丹进行最后的准备工作。然而，拆分的准备工作并不顺利。随着7月独立日期越来越近，南北之间的几个关键问题仍然没有解决，比如国家石油财富的分享，国家财富的分配集体债务，以及最终边界划分的确立。

与未解决的边界问题有关的是有争议地区令人担忧的局势阿卜耶伊地区。根据2005年《全面和平协议》的条款，该地区由苏丹北部和南部共同管理，直到其最终地位能够确定为止，由于阿卜耶伊公投的无限期推迟，这一问题仍然悬而未决。阿卜耶伊曾发生过零星的低级暴力事件，但在2011年5月巴希尔下令入侵该地区的主要城镇阿卜耶伊时，紧张局势达到了新的高度。他坚持认为，入侵是对南方的合理回应挑衅报道称，苏丹南部武装分子几天前袭击了北方部队及其联合国维和部队，但苏丹南部的入侵行动遭到了国际社会的广泛谴责，并引发了苏丹南部政府的抗议。成千上万的阿卜耶伊居民因冲突而流离失所。几天后，当巴希尔宣布阿卜耶伊为北方领土并拒绝撤出北方军队时，许多人担心激烈的局势可能会重新点燃该国的内战，但6月达成了一项协议，为该地区建立一个新的、临时的南北行政当局，以及南北军队都从该地区撤出提供了条件。埃塞俄比亚维和部队同意组成一支维和部队临时阿卜耶伊的安全部队。

与此同时，另一场冲突在苏丹中部的南部州爆发科尔多凡这里与即将独立的南方接壤。虽然严格意义上说，南科尔多凡州位于该国北部，但它是努巴人的家园，也是内战期间与南方结盟的数千名战士的家园;南苏丹独立后，大部分石油储备将留在北部，而苏丹政府也持有这些石油储备。南部联盟部队和苏丹军队之间的战斗于6月初爆发，双方都指责对方煽动冲突，当苏丹军队发起暴力运动以结束他们认为的叛乱时，敌对行动升级。这场冲突造成了许多平民伤亡，并导致该州人口大规模流离失所。6月下旬，非盟在苏丹政府和南科尔多凡州的反对派苏丹人民解放运动(后来的苏丹人民解放运动-北方)之间达成了一项协议，以结束战斗，并解决内战期间在南方一方作战的北方人的地位问题，规定他们要么遣散，要么解散集成进入苏丹军队该协议还延伸到邻近的青尼罗州，尽管那里没有像南科尔多凡州那样遭受同样程度的暴力，但也是许多前南部武装分子的家园。

随着南方预定的独立日期日益临近，最近的敌对行动和尚未解决的分裂问题日益突出。在南方宣布独立后，距离南方计划脱离苏丹不到一周的时间，北方和南方同意继续讨论尚未解决的问题，包括石油收入分享和最终边界划分等关键问题。南苏丹于2011年7月9日如期脱离苏丹。

新苏丹

在失去南部和那里利润丰厚的油田的几天后，巴希尔宣布了一项为期三年的计划财政紧缩措施将实现帮助苏丹适应新的财政现实。他还谈到了苏丹的变化:在谈到“第二共和国”时，他在声明中承诺，政府将更加透明，苏丹人民将享有更大的政治自由，尽管这些要求遭到了一些人的反对怀疑被他的对手。巴希尔还表示，双方将讨论新的宪法即将开始，他承诺政府将积极参与对话解决国内剩余的冲突。为此，政府在2011年7月与达尔富尔一个较小的反叛组织签署了和平协议。然而，在非盟斡旋下，政府与南科尔多凡州和青尼罗州的团体之间达成的协议没有维持下去，因为南科尔多凡州和青尼罗州的战斗分别于7月和9月恢复。

7月晚些时候，苏丹中央银行推出了新版货币——苏丹镑。苏丹新货币的发行比预期早了几个月，但仅仅在一周后就发布了南苏丹介绍了自己的货币．两种新货币在很短的时间内涌入，引发了人们对该地区经济不稳定的担忧，尤其是在两国之间所有尚未解决的问题悬而未决的情况下。