苏丹在巴希尔
巴希尔和他的同事们意识到，作为一个没有多少民众支持的少数群体，他们将不得不采取严厉措施来限制那些在组织过程中发挥重要作用的受过教育的精英民粹主义过去的革命。以苏丹人所不习惯的冷酷无情，RCC监禁了数百名政治对手，禁止工会和政党，压制媒体，并解散了政府司法．它试图在南方大力发动战争，抑制只有国民经济的恶化。在NIF的支持下穆斯林兄弟会苏丹政府是苏丹现代史上最不受欢迎的政府国家进入20世纪的最后十年。
RCC及其支持者对穆斯林兄弟会的信任使巴希尔得以重新上台伊斯兰律法,包括体罚1991年3月，政府大胆支持伊拉克在波斯湾战争．这两项行动不仅使苏丹与西方国家隔绝，也使苏丹与阿拉伯邻国隔绝(尽管利比亚政府支持)。经济继续恶化这种孤立以及南方的内战、生产力的下降和严重的通货膨胀加剧了这一问题。基本商品普遍短缺，特别是在敏感的城市地区，造成的骚乱被无情地镇压。
持续的内战
在南部，政府军继续将城镇拱手让给苏丹人民解放军，但它成功地控制了马拉卡尔、瓦乌和朱巴这三个省会城市。无法在战场上击败苏丹人民解放军，政府武装并释放了一个阿拉伯人民兵对抗他们的传统非洲对手，主要是丁卡人。此外，它一贯无视提供粮食的请求，并阻挠西方人道主义救济机构提供粮食援助的努力。夹在两支军队之间，遭到阿拉伯民兵的劫掠，并遭到持久的干旱在美国，无数非洲人逃往北方城镇或寻求庇护埃塞俄比亚．数千人在逃离时丧生流行东非饥荒或者死在流离失所者的营地，在那里他们没有得到rcc领导的政府的救济，该政府决心镇压苏丹人民解放军，作为将苏丹的非穆斯林伊斯兰化政策的第一步苏丹南部．
罗伯特·o·柯林斯向文官统治过渡
RCC一直统治到1993年。那一年，它监督了从军事统治一个文官政府。尽管如此，这是一个文官政府，NIF在其中安全掌权，因为RCC在解散前任命巴希尔为新政府的总统。自1989年以来的第一次总统和立法选举政变于1996年举行;巴希尔赢得总统选举，并在2000年再次当选。的表面上政府的转型在1998年的全民公决中继续进行，新宪法以压倒性多数获得通过。1999年引入的多党政治，虽然被许多人悲观地看待，但似乎也支持向更民主的政府方式过渡。然而，当年晚些时候新宪法的部分中止，浇了人们的乐观情绪，因为苏丹似乎在坚持宪法独裁政权。也是在那一年，苏丹开始出口石油，为该国带来了急需的收入枯萎的经济。
与南方的和平
与此同时，内战仍在继续。在20世纪90年代和21世纪初，发生了许多停火、协议和和平讨论，但收效甚微。苏丹政府和反政府武装最终在2005年1月签署了一项协议全面的和平协议(CPA)终于结束了该国长期的内战。《全面和平协议》规定了一部新宪法，概述了分享权力、分配财富和保障国家安全的新措施。它还允许在苏丹南部建立一个独立的政府规定该地区的独立公投将在六年内举行，这对叛军来说是关键问题。
此外，还有三个敏感地区——阿卜耶伊地区和南部北部各州科尔多凡和“蓝色尼罗河”在《全面和平协议》下被赋予特殊地位。有争议的阿卜耶伊地区，北方和南方都声称是其领土的一部分，将由苏丹北部和南部州政府共同管理，直到其最终地位可以在与南部独立投票同时举行的全民公决中确定。南科尔多凡州和青尼罗州被赋予了与其他北部州不同的地位和略有不同的政府结构。这些变化是为了解决这两个州的具体问题。这两个州与苏丹南部接壤，在战争期间经历了很多战斗，而且是许多站在南方一边作战的人的家园。两国将在晚些时候举行“民众协商”，评估全面和平协议的执行情况，并决定是否保留该协议或与北方政府谈判一项新协议。