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穆塞韦尼在办公室
国内事务
面临着同样的问题,遇到了UNLF在1979年和1980年欧博特,穆塞韦尼宣布的政策道德以及经济重建,虽然它不是容易执行。零星的军事抵抗新政府继续,尤其是在北部和东部。武器是丰富的,不满意的人愿意使用它们来促进他们的目的。全国步枪协会,尽管总统的禁令,有时是严厉的处理对手如欧博特的部队。
安全改善,但是,至少在最中央,南部,乌干达西部,观察人士称,人权是更广泛的保护。一个宪法修正案1993年恢复了君主国,和干达人托罗,班尼奥洛,苏传统的统治者。新宪法是颁布1995年,和1996年5月举行总统选举;穆塞韦尼轻松赢得大多数的选票。他在2001年再次当选。
在1990年代,一直持续到2000年代,乌干达面临着反叛活动的增加,特别是从上帝抵抗军(LRA)为首约瑟夫科尼。成立于1980年代末,圣主抵抗军绑架了成千上万的儿童作为奴隶或士兵在其对抗穆塞韦尼的政府。其恶性袭击平民的北部人民矢志强奸、谋杀、和切割,如切断了耳朵,鼻子,嘴唇,和四肢victims-terrorized和流离失所的超过一百万乌干达人,创建一个人道主义危机在2000年代初。经过多年的拒绝,圣主抵抗军同意会见政府官员在2004年12月进行和平谈判。然而,在2005年初谈判破裂,圣主抵抗军继续野蛮袭击平民。和平谈判恢复2006年7月,8月下旬虽然达成停火协议,再一次的谈判破裂,谈判结束几十年的持续冲突。乌干达在2008年底开始与武装部队的联合军事行动