根

根从土壤中吸收水分和矿物质营养，并锚定和支撑地上部分。大多数针叶树虽然分布很广，但却很浅，根系统，使树干极易受到风表面扰动。即使是最大的针叶树也不例外，许多巨型红杉(巨木林中的)在加州的国家公园里都用栅栏围了起来，以减少数百万仰慕者的脚步对树根的破坏。根是针叶树中研究最少的部分，但在整个群体中似乎相对均匀。唯一的寄生针叶树，Parasitaxus ustus但最奇怪的根结构是它的“膝盖”秃头柏（Taxodium distichum)，从周围的沼泽水中冒出的圆锥形的木质组织团树．人们对它们的功能仍然知之甚少。

针叶树的细根，就像许多开花植物的根一样，不是单独工作的。他们在工作中得到提高与专业人士联系真菌谁的结构丝(菌丝)与它们混合形成菌根．在针叶树中有两种不同类型的菌根关联。大多数种类都有囊泡-丛枝菌根，称为endomycorrhizae因为真菌菌丝实际上穿透了根部的细胞。所有的松科，只有松科，有另一种根共生,被称为外生菌根，因为真菌包住根，菌丝在根外细胞之间通过而不穿透它们。每年，新的根从鞘中长出来，只有当真菌后来恢复活跃生长时才会重新定居。外生菌根真菌通过附着的蘑菇繁殖，可见蘑菇正在发芽松而内生菌根真菌则在地下生长。