撒哈拉沙漠在其边界内表现出巨大的气候变化,沿南北轴有两种主要的气候体系:沙漠的北纬地区是干旱的亚热带,有两个雨季,而南部地区虽然也干旱,但更热带,只有一个雨季。撒哈拉沙漠的南部延伸到荒漠草原这是一个半干旱的缓冲区,将沙漠与更温和的热带稀树草原生物群落分隔开来。许多其他因素也会影响撒哈拉沙漠内的气候变化:地形和洋流都有影响,而洋流导致了沙漠西部边缘略冷和更潮湿的环境。一些科学家估计撒哈拉沙漠在大约200万到300万年前变得干旱,而另一些科学家则认为在此之前就已经开始干旱了。
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