初级淋巴器官的重要性证明了其参与自身免疫性疾病。两个自身免疫性疾病,先天性胸腺发育不全综合症和Nezelof疾病导致的失败胸腺开发和在随后的T细胞数量的减少,和删除囊的鸡导致B细胞数量减少。的破坏骨髓也有毁灭性的影响免疫系统,不仅因为它的角色B细胞发展的网站也因为它是干细胞的来源,是淋巴细胞的前体分化。
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