通过单位的自我组装来进行形态发生

复杂结构可能产生于具有某些特征的单元之间的相互作用，这些特征使得它们可以以某种方式组合在一起。这是特别适合的形态发生在分子或细胞的简单层面上。碳原子、氢原子、氧原子、氮原子等单位可以自行组装成有序的分子结构，而较大的分子，如原胶原蛋白，或一般的蛋白质亚基，可以自行组装成复合物，其结构依赖于局部的和定向的分子间作作用力。这些相对较大的实体，如聚集在一起形成噬菌体或细菌鞭毛的头部结构的单元，似乎能够有序地自我组装，但产生单元间键的化学力仍然知之甚少。

属于与自组装相同的一般类别的过程可能发生在内部聚合的细胞。自我组装的单位就是细胞本身。相互作用和聚集可以允许发生在一种或多种不同类型的细胞的组合中。在这种情况下，通常会发现，最初分离的细胞往往会彼此粘附在一起，起初或多或少是随机的，独立于它们的特性，但后来它们会重新排列成由单一种类的细胞组成的许多区域。当最初收集的细胞在两个不同的特征上存在差异时，例如在物种和器官在起源方面，在某些情况下，这种分类汇集了来自同一器官的细胞，在其他情况下，来自同一物种的细胞。例如，小鸡和老鼠的混合细胞会重新组合成来自同一器官的群体，而来自两种不同两栖动物的细胞则会或多或少地独立于器官类型，重新组合成来自同一物种的群体。

这种形态发生过程可能只在正常发育过程中有限地应用于结构的形成，在正常发育过程中，只有少数组织(例如,(连接系统)细胞从未经历过它们所不处于的自由期亲密的与其他细胞的接触，以及不同来源的细胞通常不会混合在一起，从而引起重新组合的过程。要解释植物和动物的正常形态发生过程，就必须注意由相互之间保持经常密切接触的细胞的不同行为所产生的结果。几位作者已经展示了如何在保持接触的细胞群中产生惊人的形态发生变化，但相邻细胞之间的粘附强度发生了变化，其表面面积与细胞音量，等等。