栖息地管理
一旦受到保护，就必须对这些地区进行管理，以维持受到威胁的物种物种在他们。如前所述，管理可能包括清除外来物种。它还包括恢复该地区的自然生态过程。原始的火灾和洪水制度就是这样的过程的例子，它们经常是有争议的，因为人类活动可以显著地改变它们。
消防
尽管压抑通常有正当的理由森林大火在美国，这种做法会极大地改变植被，有时还会在这个过程中伤害物种。如前所述，人类活动改变了火政权在地球上的大部分地区，包括一些地区生物多样性热点。正确的火灾制度对保护物种至关重要。
一个物种的例子，其控制火制度已经被证明是可能的，也是必要的科特兰的莺（Dendroica kirtlandii；看到woodwarbler)．这濒危物种只在上半岛筑巢密歇根这是一种特殊的鸟类，其地理范围很小，远远超出了热带地区。鸟把它的巢放在草和灌木下面的活树枝短叶松（松果体banksiana)，年龄在5至20岁之间。该地区的自然野火最初保持了足够的小杰克松的区域。和其他地方一样，现代的做法抑制了火灾，栖息地减少了。鸟类也易受感染燕八哥它们是寄生虫卵层。积极管理规定的火灾为了确保总有合适年龄的杰克松，再加上清除燕鹂，自20世纪90年代初以来，莺的数量稳步增加，当时只有大约200只会唱歌的雄性莺。到2015年，大约有2360只雄性会唱歌。
防洪
就像人类活动抑制火情一样，人类活动也控制水位，由此产生的变化可能对濒危物种产生重要影响。受这种影响的物种的一个例子是塞布尔角海滨麻雀（奇异海蛤)在佛罗里达发现的埃弗格莱兹．大沼泽地曾经从奥基乔比湖在北方佛罗里达海湾在南方。水流缓慢地流过广阔的区域，水位随季节而变化:夏末秋初雨水导致水位上升;然后旱季在5月下旬降至最低水平。在这自然政权在美国，一些地区连续多年被洪水淹没，只有在最干旱的年份才会干涸，而另一些地区每年只会被洪水淹没几个月。在这些干燥的草原上，麻雀从三月中旬开始筑巢，直到夏天水淹没它们的巢。
水资源管理措施已经将水流转向了其自然路径的西部，使得大沼泽地西部在鸟类筑巢季节的某些年份异常潮湿。1992年之后的四年里，非自然的洪水使西部的鸟类数量减少到1992年水平的不到10%。在东部，大草原变得异常干燥，因此受到越来越多的火灾的影响，这危及了那里的麻雀数量。很明显，拯救塞布尔角海滨麻雀需要恢复大沼泽地内的自然水位和流量，以及随之而来的自然火灾制度的回归。
栖息地恢复
一旦栖息地被破坏，唯一剩下的保护工具就是恢复它。所涉及的问题可能是强大的他们必须包括处理造成破坏的原因的行动。修复是大规模的生态实验;因此，他们可能会在不同的地方获得不同程度的成功。例如，恢复大沼泽地需要恢复南部数千平方公里的自然水流模式佛罗里达．
栖息地恢复的历史案例来自中西部美国．在伊利诺斯州该州的自然生态系统覆盖率不到本州的0.1%，因此恢复自然生态系统几乎是该州唯一的工作保护可用的工具。北分支是一条20公里(12英里)的狭长地带，从芝加哥沿着芝加哥铁路的北分支向北延伸芝加哥河．在20世纪早期，它被保护起来，但后来被遗弃了。从20世纪70年代开始，一群志愿者首先清除了引进的欧洲人鼠李（鼠李cathartica)，搬走了废弃的汽车，种下了种子，这些种子是他们通过梳理原始植物的微小残余而收集到的大草原在铁路沿线和墓地等地方。然而，重新种植草原物种的最初努力失败了;动物们吃了这些生长的小植物。解决方案是恢复自然火灾制度，尽管控制燃烧——在住宅附近安全点火——构成了一项艰巨的技术挑战。但一旦完成，效果是立竿见影的。原有的草原植物茁壮成长，杂草也逐渐消失，尽管有一个重要的例外。原生树下生长着非原生的植物蒺藜而且蒲公英．
原来的栖息地被当地称为荒野构成一个视觉上引人注目和生态上特殊的栖息地。恢复它们是一个特别的挑战，而主要的保护问题是找到合适的物种组合。一个建议是使用剩余的贫瘠地作为模型，但是北支行志愿者们拒绝了它们，认为它们太低级了。在20世纪初，博物学家曾推测，不孕症之所以特殊，是因为它们缺乏一些典型的草原物种，同时又有自己独特的物种。志愿者们检查了古老的栖息地描述论文当地植物寻找这样的物种，其中许多现在肯定是稀缺的。关键的发现是1846年一位乡村医生发表的一份不孕症植物清单。它们的学名在150年里发生了变化，但志愿者们通过追踪当地文献，发现了许多假定的医生清单上的绝种植物。在掌握了这些重要信息后，该小组成功地恢复了到1991年还拥有136种本地植物的贫瘠地区，其中包括在恢复之前在当地非常罕见的物种。
上面的例子说明了两条规则生态修复．首先，必须能够拯救所有组成原始生态的物种社区．第二，医生的清单说明了这一点，那就是人们需要知道哪些物种属于，哪些不属于。如果没有正确的物种组合，修复者必须不断地除草和补种。
为保护付出代价
估算经济生物多样性的价值存在争议。例如，鲸鱼的价值曾经只是商人为它们的部分(主要是石油和鲸须)支付的价格。如今，鲸鱼有着明显的经济价值，那就是游客在船上观看鲸鱼的费用——这些船只现在经常从曾经支持捕鲸的港口驶出。作为一个不太明显的经济因素，人们根深蒂固地认为捕鲸是残忍的，或者鲸鱼有存在的权利。世界各地的许多人反对捕鲸，尽管他们可能很少或从未见过鲸鱼。经济学家通过询问公众愿意为保护鲸鱼支付多少钱，将这些想法纳入他们的价值计算中。
的后果中发现了一个相关的现实世界的例子石油泄漏事件从油轮上埃克森·瓦尔迪兹号，这艘船在威廉王子湾1989年，美国阿拉斯加州。当石油泄漏污染了阿拉斯加海岸的壮丽景色时，许多美国人都觉得他们遭受了个人损失。埃克森美孚被迫支付清理混乱的费用，并被罚款，不仅因为损害了人们的生计，而且还因为造成了损失。
而适当的决定，把货币值道德问题是有争议的1997年，一个由生态学家和经济学家组成的团队试图在一个大范围内这样做，他们报告了他们的计算结果多样化的地球生态系统提供的服务是有价值的他们的方法是将这些服务分为17类，并将地球表面分为16种生态系统类型。许多服务和生态系统类型的组合没有得到估计。山脉、北极和沙漠当然有文化价值和忠实的生态游客，但这些都不存在，拥有城市公园的城市地区也不存在。尽管如此，考察队到达时，中国每年33万亿美元的总价值大约是全球经济价值的两倍。
当今社会面临的一个挑战是理解地球资源的经济价值生态系统而且生态系统服务因为他们常常被认为是理所当然的。为做到这一点所采取的步骤之一是纽约市为了改善水的供应通过保护分水岭供给水。这种保护措施的成本与其他措施相比要小得多替代大力扩大城市的水处理厂系统。另一个例子，旨在减缓的速度森林砍伐，可以看出哥斯达黎加政府愿意为保护森林流域而付费。全球案例包括通过奖励那些保护现有森林或在被砍伐的土地上恢复森林的人，努力减少全球碳排放。
政府和国际机构经常通过提供资金来鼓励对生物多样性的破坏补贴为了…的利益经济增长．例如，许多国家通过补贴鱼价来大力支持本国渔业船队。的苏联曾是这样一个国家，但在其解体时，俄罗斯政府撤销了补贴，结果导致许多渔船在港口生锈。一项研究在20世纪末由联合国粮农组织的联合国每年估计总金额价值全球捕鱼量约为700亿美元。然而，捕捞这些鱼的成本是920亿美元，反映了220亿美元的损失。费用包括日常维护、燃料、保险、用品和劳动力。损失的规模肯定被低估了，因为任何私人公司也会在它的总成本每年偿还渔船和其他设施贷款的费用。该研究得出的结论是，这些贷款将再占320亿美元，每年的赤字将达到540亿美元。
世界范围内的农业补贴甚至更大——对所有补贴的全球回顾估计，每年的补贴总额达数万亿美元。审查表明，一个强有力的保护策略将是审查这些补贴是否合理，因为人们担心环境还有对财政负责的必要性。
斯图尔特·皮姆