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不像植物,它使用二氧化碳光是碳的来源能源,真菌分别满足这两个要求同化预成型有机质;碳水化合物通常是首选的碳源。真菌可以很容易地吸收和代谢各种可溶性碳水化合物,如葡萄糖木糖,蔗糖,果糖.真菌还能很好地利用不溶性碳水化合物,如淀粉,纤维素,纤维素,而且非常复杂碳氢化合物如木质素.许多真菌也可以使用蛋白质作为碳和氮的来源。为了使用不溶性碳水化合物和蛋白质,真菌必须首先在细胞外消化这些聚合物。腐生真菌从死亡的有机物质中获取食物;寄生真菌以活的有机体(通常是植物)为食,从而引起疾病。
真菌通过的作用来获取食物酶(生物催化剂)分泌到它们生长的表面;酶消化食物,然后直接通过菌丝壁被吸收。食物必须处于溶液中才能进入菌丝,真菌的整个菌丝表面能够吸收溶解在水中的物质。水果的腐烂,如桃子和柑橘类水果,证明了这一现象,其中受感染的部分在真菌酶的作用下软化。在褐腐病的桃子时,软化面积略大于菌丝实际侵入面积外围棕色斑点的一部分已经被酶软化了,酶在入侵之前就起作用了菌丝体.奶酪如布里干酪而且质是由真菌产生的酶成熟的吗青霉菌camemberti它生长在一些奶酪的表面。一些真菌产生特殊的根状菌丝,称为根状的它们将菌体固定在生长表面,也可能吸收食物。许多寄生真菌在这方面更加专门化,产生特殊的吸收器官,称为吸器.