寄生虫感染
在热带国家，寄生是流行．蛔虫、绦虫、变形虫、钩虫、圆线虫、绦虫和血吸虫(血吸虫病)是寄生虫的主要类型。因此，除了其他疾病外，在这些地区发生多种寄生虫感染是很常见的。这种常见的现象，反映出贫穷、匮乏健康教育,营养不良这是导致慢性疾病和过早死亡的主要因素。
蛔虫
蛔虫,尤其是蛔虫，可能导致肠梗阻如果有足够的数量。当它们从幼虫状态成熟为成虫时，蛔虫在体内迁移，导致蛔虫病这种感染的特征是发热肺炎(肺部炎症)，胆管炎(胆管炎症)，以及胰腺炎．蛔虫会干扰肠道对脂肪和蛋白质的吸收，导致腹泻．使用哌嗪或其他驱虫药可消除它们，但偶尔需要手术治疗梗阻。
钩虫
钩虫,或钩虫属duodenale，感染蠕虫在幼虫阶段就开始了。它穿透皮肤，通常是脚的皮肤，在它的过程中迁移生命周期通过肝脏和肺部，并附着在小肠粘膜上，在那里它成熟了。钩虫会消耗体内的营养物质，主要影响是严重的慢性疾病缺铁性贫血．这种影响可以通过口服铁来纠正，蠕虫的数量可以用四氯乙烯或其他驱虫药来控制。
蛲虫
蛲虫,或Enterobius vermicularis，主要居住在盲肠．成年雌性在夜间迁徙到肛门并在肛周皮肤上产卵，引起肛门瘙痒。蛲虫通过粪口途径传播，可影响整个家庭。蛲虫可以根除用哌嗪或戊酸铵。
绦虫
常见的绦虫是绦虫saginata，在牛肉,t .绦虫，在猪肉．幼虫的棘球绦虫granulosus属的成熟蠕虫裂头绦虫，一些矮绦虫也会致病。受精卵通过粪便传播，并被中间宿主动物(如牛)摄入。胚胎迁移到血液中，到达肌肉或内脏发育成幼虫。当肉被人类食用后，幼虫进入肠道，在那里附着并发育成成虫。因此，最常见的感染源是未煮熟的肉类。在牛肉和猪肉中发现的绦虫只有在数量和大小引起症状时才会引起症状肠梗阻．阔节裂头绦虫,一个鱼绦虫，可能会引起严重的贫血类似于恶性贫血因为它消耗了大部分维生素B12在宿主的饮食中。
阑尾炎
阑尾炎是一种炎症蚓状的附录这可能是由感染或部分或全部梗阻引起的。阑尾炎的主要症状是腹痛。阑尾炎主要发生在35岁以下的人。这种疾病很容易诊断，可以通过手术治疗。广泛使用抗生素治疗上呼吸道疾病和其他疾病可能已经减轻了发病率的急性阑尾炎，使更多的病例晚期阑尾脓肿的报道。寄生虫也会导致该病的发生。阑尾炎偶尔发生在老年人中，脓肿形成和爆发的情况需要紧急手术。
慢性炎症
慢性炎症小肠包括肺结核而且区域肠炎（克罗恩病)．这些紊乱在早期阶段很难诊断，因为它们最初的症状通常很模糊。一般症状包括低度发热例如，肠管梗阻和肠壁炎症干扰正常肌肉活动导致的腹痛发作。诊断通常由X光或结肠镜检查确定。活检也可用于检查小肠内壁。结核病是用特殊药物治疗的。抗炎和免疫抑制药物对克罗恩病有帮助。手术切除病变肠段可能是必要的。
克罗恩病的发病率正在上升。大约60%的克罗恩病患者需要手术是因为肠管梗阻，另外20%是因为肠管之间的瘘或连接相邻结构——例如，从乙状结肠到膀胱。小肠反复手术切除加上肠壁疾病可导致严重的吸收不良状态。这有时需要长期静脉注射营养。
乳糜泻
乳糜泻根据世界区域的不同，每500人和每2000人中就有一人受影响。乳糜泻是由对麸质(小麦、黑麦、大麦和一些燕麦中存在的一种蛋白质)的免疫反应引起的小肠粘膜损伤引起的。
对乳糜泻患者免疫功能的研究表明，至少这个过程的主要部分是延迟的超敏反应结果表明，小肠黏膜的形态变化与面筋循环抗体的存在有关。对小肠的损害是进行性的萎缩肠道内排列的微绒毛和绒毛即使没有完全消失，也会消失。这大大减少了可吸收的面积，和吸收不良腹泻结果。乳糜泻通常发生在6到24个月之间，但这种疾病也可能不会发生清单直到中年或者，如果是轻微的，在那之前可能不会被注意到。铁而且缺乏性叶酸贫血，骨骼软化(骨软化)，而全身虚弱可能会伴随各种由于不吸收维生素而引起的疾病。如果不及时治疗，这是一种严重但很少危及生命的婴儿期疾病。诊断是通过血液检查和活检来确定的。戒掉含谷蛋白的食物通常会带来所有症状的显著改善和消失。
热带口炎性腹泻
一种原因不明的吸收不良疾病，热带浇口影响热带国家的居民和游客。它与偏微分有关萎缩小肠粘膜。其症状是腹泻，厌食症,乏力．如果病情持续，贫血由吸收不良引起的维生素B12发展。脂肪漏(粪便中脂肪过多)是常见的，葡萄糖吸收受损。长期使用抗生素治疗，如四环素，并补充维生素，特别是维生素B12和叶酸，都很成功。