骨髓
在鸟类中，B细胞成熟于法氏囊．(b细胞成熟的过程在鸟类中被阐明，因此B为囊)。在哺乳动物主器官b淋巴细胞的发育骨髓虽然b细胞分化的产前部位是胎儿肝．不像胸腺青春期时，骨髓不会萎缩，因此也就没有了伴随的B淋巴细胞的产生随着年龄的增长而减少。
次级淋巴器官
次级淋巴器官包括淋巴结，脾和小块淋巴组织如派尔集合淋巴结补丁,附录，扁桃体，以及身体粘膜表面的选定区域(身体粘膜排列的区域)。次级淋巴器官有两个基本功能:它们是进一步的器官淋巴细胞成熟时，它们有效地捕获抗原，暴露在T细胞和B细胞中。
淋巴结
淋巴结或淋巴腺很小，封装由淋巴组织组成的豆状结构。数以千计的淋巴结分布在全身的淋巴路径上，尤其是腋窝周围的区域(腋窝淋巴结)，腹股沟(腹股沟节点),脖子(颈椎淋巴结)，以及膝盖(腘节点)。淋巴结中含有淋巴细胞，淋巴细胞通过称为高内皮小静脉的特殊血管从血液中进入。T细胞聚集在内皮层(旁皮质)，B细胞组织在外皮层的生发中心。淋巴，连同抗原，通过传入(传入)淋巴管流入淋巴结的想法通过淋巴结，在那里它与淋巴细胞接触并激活淋巴细胞。在淋巴中被激活的淋巴细胞，通过流出血管离开淋巴结，最终进入血液，分布在全身。
脾
脾在腹腔背后的胃．虽然在结构上与淋巴结相似，但脾脏可以过滤血而不是淋巴。它的主要功能之一是使血液与淋巴细胞接触。脾脏的功能组织由两种类型的细胞组成:红色髓，其中含有一种叫做巨噬细胞的细胞细菌旧血细胞和血液循环中的碎片;白色牙髓周围区域含有大量淋巴细胞。的脾动脉通过小血管网进入红髓，血源性微生物被困在这个松散的细胞集合中，直到它们逐渐通过脾静脉被冲洗出来。白色牙髓中含有B淋巴细胞和T淋巴细胞。T细胞聚集在进入脾脏的小动脉周围，而B细胞位于生发中心，在那里淋巴细胞暴露于抗原并被诱导到区分成抗体分泌浆细胞．
Mucosa-associated组织
另一类重要的次级淋巴结构是粘膜相关的淋巴组织．这些组织与几乎任何器官的粘膜表面有关，但特别是消化道、泌尿生殖系统和呼吸道的粘膜表面，这些器官经常暴露于各种潜在有害微生物，因此需要自己的保护系统抗原捕获并呈现给淋巴细胞。例如,派尔集合淋巴结补丁的粘膜相关淋巴组织小肠在美国，对传递的抗原进行取样，并将其暴露于底层的B细胞和T细胞。其他组织较松散的地区肠道也起到了次要的作用淋巴组织．
淋巴系统疾病
次级淋巴器官的宿主提供了一个淋巴系统冗余用于免疫系统细胞的抗原取样。切除脾脏、选定的淋巴结、扁桃体或阑尾一般不会导致病原微生物引起的疾病过度增加。然而，初级淋巴器官的重要性是显而易见的。比如两种自身免疫性疾病迪格奥尔格综合征而且奈泽氏病导致胸腺发育失败，随后t细胞数量减少，去除鸡的法氏囊导致b细胞数量减少。骨髓的破坏也会对免疫系统这不仅是因为它是b细胞发育的部位，而且因为它是干细胞的来源前体用于淋巴细胞分化。