构象蛋白质的数量接口
像许多其他具有亲水性和疏水性基团的物质一样，可溶性蛋白质倾向于迁移到空气和水或油和水之间的界面;这个词石油这里指的是疏水液体如苯或二甲苯．在界面内，蛋白质扩散，形成薄膜。测量表面张力，或界面张力，表明张力被蛋白质膜降低。蛋白质在形成界面膜时，以单分子层的形式存在。，一层分子在高度。尽管人们曾经认为球状蛋白质分子在界面上完全展开，但现在已经确定，许多蛋白质可以从天然状态的薄膜中恢复。对蛋白质膜施加侧压力使其厚度增加，最终形成高度与天然蛋白质分子直径相对应的层。蛋白质分子在一个界面上，因为布朗运动(分子振动)，比施加压力后在薄膜中占据更多的空间。的布朗运动由于蛋白质分子不能向上或向下移动，压缩分子的运动仅限于界面的两个维度。
蛋白质分子在空气-水界面的运动已被用来确定分子量的蛋白质。这项技术包括测量蛋白质层对屏障施加的力。
当蛋白质解决方案在空气中剧烈摇晃，就会形成一种泡沫，因为可溶性蛋白质会迁移到空气-水界面，并在那里停留，阻止或减缓泡沫的再转化均匀解决方案。一些不稳定的、易修饰的蛋白质在空气-水界面上扩散时发生变性。大力搅拌蛋清时形成的永久泡沫就是一个不可逆的例子变性通过在表面上扩散。
蛋白质分类
按溶解度分类
以两位德国化学家命名，埃米尔费舍尔而且弗朗茨·霍夫迈斯特在1902年独立地指出，蛋白质本质上是由许多多肽组成的氨基酸由于蛋白质的生物学功能尚未建立，人们试图根据蛋白质的化学和物理性质对其进行分类。(蛋白质的特性酶直到20世纪20年代才被证实。)蛋白质的分类主要是根据它们在一些溶液中的溶解度溶剂．然而，这种分类不再令人满意，因为结构和功能完全不同的蛋白质有时具有相似的溶解性;相反，具有相同功能和相似结构的蛋白质有时溶解度不同。然而，与旧分类相关的术语仍然被广泛使用。它们的定义如下。
白蛋白蛋白质是可溶的吗水在半饱和硫酸铵的水中。另一方面，球蛋白用硫酸铵半饱和盐浸出(即沉淀)。可溶于无盐水的球蛋白被称为假球蛋白;不溶于无盐水的是优球蛋白。脯氨酸和谷蛋白都是植物蛋白质不溶于水;醇溶谷蛋白的溶解50%到80%乙醇，谷蛋白在酸化或碱性溶液中。这个词鱼精蛋白用于鱼类精子中大约80%的蛋白质精氨酸因此是强碱性的。组蛋白，碱性较低，显然只出现在细胞核这是他们注定要去的地方核酸．这个词硬蛋白质已用于动物器官的不溶性蛋白质。它们包括角蛋白，某些上皮组织(如皮肤或头发)的不溶性蛋白质，以及胶原蛋白的蛋白质结缔组织．一大批蛋白质被称为结合蛋白质因为它们是复杂的蛋白质分子，由蛋白质和非蛋白质部分组成。非蛋白质部分被称为假体组。共轭蛋白质可细分为黏液蛋白，黏液蛋白除蛋白质外，还含有碳水化合物;脂蛋白，含有脂质;富含磷酸盐的磷蛋白;含有铁-等色素的色蛋白卟啉，类胡萝卜素，胆色素，和黑色素；最后是核蛋白，它包含核酸．
上述分类的弱点在于，许多球蛋白(如果不是全部的话)含有少量的碳水化合物;因此，球蛋白和黏液蛋白之间没有明显的界限。此外，磷酸蛋白不具有可分离的假体基团;它们只是蛋白质，其中的一些羟基丝氨酸被磷酸化(即，含有磷酸盐)。最后，球蛋白包括具有完全不同作用的蛋白质——酶，抗体纤维蛋白和收缩蛋白。
按生物功能分类
鉴于旧的分类方法不能令人满意，最好是根据蛋白质的生物学功能进行分类。然而，这样的分类远非理想，因为一种蛋白质可以有不止一种功能。例如，收缩蛋白肌球蛋白也作为一种atp酶(腺苷三磷酸酶)，一种酶的水解三磷酸腺苷(通过引入水分子从ATP中去除一个磷酸基)。功能分类的另一个问题是蛋白质的确切功能常常是不知道的。只要蛋白质是酶，它就不能被称为酶底物(具体复合它的作用机制)尚不清楚。当底物未知时，甚至无法检测其酶促作用。