适应

在大多数情况下，寄生原生动物生活在一个相当稳定的环境中环境．宿主内部的温度波动很小，或者根本不波动，干燥没有风险，食物源源不断。另一方面，自由生活的原生生物面临着短期或长期的温度、水生酸度、食物供应、水分和光线的变化。许多原生动物对不利的环境条件作出反应被包在囊内:它们在自己周围分泌出一堵厚厚的、坚硬的墙，并有效地进入静相当于冬眠．形成抵抗性囊肿的能力在人群中普遍存在多样化的原生生物群可能在进化史的早期就已经形成了。静止的包囊也很容易被风携带，形成一个重要的传播手段的物种生活在土壤或者在短暂的池塘和池塘。在具有明显寒冷季节的气候中，囊肿可能是每年生命周期中的一个重要阶段。

囊壁由不同数量的层组成，其组成部分取决于种。在包封过程中，原生动物细胞经历了一系列的变化，大大降低了生物体的复杂性。鞭毛生物和纤毛虫失去它们的鞭毛而且纤毛,伸缩泡食物液泡消失，细胞内的细胞器分布可能会重新组织。在某些物种中，细胞体积大大减小。这些变化在剥离过程中被逆转。

某些海洋浮游生物tintinnids在一年中食物供应充足的时候全部破囊而出丰富的．Helicostomella subulata例如，在温带水域，水母在6月开始结胞，从7月到10月数量增多。它在10月再次成囊，沉入沉积物中，直到第二年。囊肿是每年生命周期的正常组成部分，甚至实验室种群也是如此纤毛虫与自然人口同时出现。这种类型的生活策略模式已在其他几种纤毛虫和一些变形虫．

对于土壤原生动物来说，当土壤水分消失或土壤水分冻结时，囊肿是一个重要的避难所。在受到冻结和周期性短期解冻的土壤中，原生动物迅速剥囊、进食和繁殖，然后在土壤水暂时无法提供给它们时再次包囊。

囊肿起着重要的作用生命周期几种具有自由生活扩散阶段的寄生原生动物，如痢疾阿米巴而且隐孢子虫．包囊随宿主粪便排出，并在水或土壤中存活。人类通常通过饮用受污染的水或食用用人类粪便作为肥料种植的生水果和蔬菜而被感染。

一些淡水原生动物，尤指纤毛虫旋口虫，Loxodes,Plagiopyla为了避免不愉快的环境，特别是缺氧，它们放弃了海底生活的方式，向上游，使自己处于一个有氧气的高度，但又不会与浮游生物直接竞争。它们会一直呆在那里，直到湖底再次获得氧气，这时它们才会向下迁移。

涉及藻类的混合营养的广泛发生共生以及光合作用质体的保留和隔离猎物由浮游原生动物被认为是一种适应到食物有限的水域保留着质体的纤毛虫似乎在食物匮乏的水域比在高产水域更常见。这种形式的混合生长与植物的生产力呈反比关系生态系统．