进行分类

当获得一些想法的时候组成一个群体中的形式，以及它们彼此之间的相似性和不相似性，有必要为它们设置一个等级系统。如前所述，对于有良好化石记录的群体，树突或分支的排列是需要的分类一定是由于缺乏知识而武断的。如果分类学家有两个紧凑的组物种在美国，每一组的成员在许多方面都非常一致，而在其他方面则与另一组的成员有很大的不同，除了排名之外，分类并不困难。如果每一组都包含一些分散的形态，每一组中任何一个靠近另一个，但最不同的成员彼此之间的相似度小于他们与另一组中的某些人的相似度，那么将这些组划分为确定的类别就成了任意的．

当这些形式也在时间序列中出现时，就会出现一个特别困难的情况:今天的狗、猫、鬣狗和其他食肉动物彼此之间有很大的不同，但在某个时期，它们的祖先非常相似;因此，他们可能来自同一个祖先。古生物学家追溯每一条分类学线，并倾向于将他们的分类学群的分离尽可能地向后推进，直到相关类群中最早的成员彼此之间的相似程度，远远超过它们与所属类群中后来的成员之间的相似程度。这种群体的分离是极端的类群分裂，但切断了一个包含所有原始的成员可能需要在许多血统线中任意断裂，这将模糊进化关系。除了避免走极端，没有解决这个困境的办法。

同样的困难也出现在相同的字符组合在相关的行中独立出现时。美国古生物学家乔治·盖洛德·辛普森例如，他指出，哺乳动物的特征，如单颚骨(牙齿)，在已灭绝的类哺乳动物群体中出现过几次。使用朱利安·赫胥黎爵士哺乳动物的定义表达的是一个组织等级(达到特定的进步水平)，而不是一个分支(一个单一的类群或系)。一些分类学家坚持认为在进化过程中分类每一个群体都必须是真正的单系的——也就是说，都起源于单一的祖先。通常，这是无法确定的;化石材料不足，或者像许多软体动物一样，根本不存在。如果可以检测到一定的收敛，就不能忽视它。

群体应该被划分到什么程度才能显示出类群线，以及每个群体和子群体应该被划分成什么样的等级，这些都是合理妥协的问题。如果化石未知，由此产生的分类可能坦率地说是“自然的”或表现性的，开花植物经常是这样，而且实际上很多都是这样动物组。如果有足够的化石可用，所得到的分类可能与已知的有关进化群体的或者仅仅是猜测的。在现实中，许多分类是推测的或有偏见的，更简单、更自然的说法可能更接近现有事实。

即使仅仅处理片段，某种分类仍然是必要的。大量的叶子，一些茎，树干或根,许多种子很少有花被称为化石，可能会引起进化论者的兴趣。一种特定类型的树叶化石可能要过几十年才能与一种特定类型的树枝联系起来，更不用说树干、花朵或种子了。习惯上构造表单组(即a属或者根据其结构为化石材料命名物种名称)，以便对化石遗骸进行分类，并给予它们有效的双名。当(如果有的话)两块或两块以上的化石材料被鉴定为属于一种生物时，只会保留一个名字。这一过程在植物中最为人所知，但在动物门(门)中却有一种Conodonta)是由神秘的这些结构显然是某种动物的一部分。