除了在亚洲为成千上万的皈依者洗礼带来的持久的文化影响之外，圣方济各在他的事工中运用了几种独特的方法，这些方法最终产生了影响罗马天主教徒几代人的传教策略。他认为传教士必须适应他们所传福音的人的习俗和语言，他以提倡友谊作为弥合文化差异的手段而闻名。他以善良和真诚而闻名，他的魅力和做好事的声誉使他与各种各样的人物建立了重要的关系，包括约翰三世葡萄牙的部落首领马来群岛，香港的政治人物印度而且日本以及与他直接共事的许多普通人。
不像其他传教士，他们经常横扫一个地区，给皈依者留下很少的宗教训练洗礼圣方济各坚信，新的基督教社区不应该被抛弃。在印度，他训练欧洲传教士继续他的工作，并希望他的传教会随着神学院、学校和慈善机构的发展而发展。印度皈依者通常来自下层社会种姓他们受到葡萄牙人的虐待和当地的迫害，他努力为他们争取葡萄牙和印度当局的民事保护。然而，他在印度的行为并非没有争议，因为他参与了果阿邦的建立宗教裁判所该法案惩罚被指控继续从事宗教活动的皈依者印度教或者其他宗教。
在日本，他从根本上寻求与受过教育的当地神职人员一起延续这种信仰(他希望在日本也能这样做)中国但还没来得及进入就死了)。鉴于欧洲人的优越被许多西方人认为是理所当然的，亚洲人的皈依可以庆祝质量管理圣礼对许多欧洲人来说是革命性的虽然日本基督徒后来遭受了严重的迫害，几乎被消灭，但由圣方济各·泽维尔建立的社区多年来根深蒂固，是维护他们的日本神职人员奉献精神的证明。