咖啡“豆子”(它们不是真正的豆子)自然含有咖啡因．虽然许多人在喝咖啡时都想要一杯咖啡因，但咖啡豆可以经过加工去除大部分咖啡因兴奋剂，创造了一种可以在晚上享用而不会丢失的饮料睡眠．有几种不同的方法可以去除咖啡豆中的咖啡因，所有这些方法都是在它们还是绿色的时候进行的。脱咖啡因通常与味道较差有关咖啡因为只去除咖啡因而不去除众多风味化学物质有点棘手，而且众所周知，不含咖啡因的咖啡豆很难正确烘焙。
最常见的脱咖啡因方法包括化学方法溶剂，通常是乙酸乙酯或二氯甲烷．在直接法中，咖啡豆被蒸熟，然后用化学溶剂反复冲洗，以冲走咖啡因。在间接方法中，化学剂从不接触咖啡豆，而是处理咖啡豆浸泡数小时后富含咖啡因的水。当咖啡因被溶剂从水中去除后，豆子味的溶液被重新引入豆子中，让许多油和味道被重新吸收。在这两种过程中，溶剂都被冲洗或蒸发出四青豆，并在烘焙时进一步蒸发，这意味着你购买的无咖啡因咖啡豆中只有最微量的(被认为是安全的)。
另一种方法，被称为瑞士水工艺，仅以水和碳为基础过滤．咖啡豆首先浸泡在热水中，以提取其咖啡因和风味成分。然后，最初的咖啡豆被丢弃，产生的味道丰富的水(称为“绿咖啡提取物”)通过一个碳过滤器，该过滤器的大小仅能捕获大的咖啡因分子。脱咖啡因的绿咖啡提取物被用来清洗和过滤下一批咖啡豆。因此，咖啡因可以从咖啡豆中过滤出来，而不需要借助化学试剂，也不会让咖啡豆失去许多风味成分。这是去除有机咖啡豆咖啡因的主要方法。
最后，采用了科学命名为超临界二氧化碳的方法二氧化碳(有限公司2)在高温和高压下，使其既像气体又像液体。这个超临界CO2像气体一样进入咖啡豆的缝隙，但像液体一样溶解咖啡因。咖啡豆在水中浸泡后(这一过程会扩大细胞结构，使咖啡因分子更容易提取)，它们就会暴露在超临界CO中2好几个小时。含咖啡因的CO2液化和蒸发，然后对咖啡豆进行加工。因为这个方法会留下碳水化合物而且蛋白质完好无损的咖啡，由于脱咖啡因而导致的口感变化较小。