低级子组

菲律宾语言

在这些主要亚群中有几个可识别的低级单位之一是西马来-波利尼西亚的菲律宾族。它包括亚米语(Yami)，在台湾东南海岸的Lan-yü岛(Botel Tobago)使用;菲律宾群岛上几乎所有的语言;以及北方的桑吉瑞语、米纳哈桑语和哥伦塔利语苏拉威西岛在中央印尼．的萨玛兰方言是萨马-巴夭人说的，他们被称为海吉普赛人苏禄群岛在南岛语族中，它们在语言上的确切地位仍有待确定。尽管这个术语菲律宾语言或Philippine-type语言已经被应用到诸如查莫罗语的马里亚纳群岛或北部沙巴的语言婆罗洲在美国，这个标签是类型学的，而不是遗传的。

波利尼西亚语言

也许最著名的南岛语族的低级亚群是波利尼西亚语，它以其广泛的地理分布而著称然而,密切的关系。“波利尼西亚三角”由夏威夷，复活节岛,新西兰波利尼西亚的领土面积大约是欧洲大陆面积的两倍美国．此外，在密克罗尼西亚和美拉尼西亚发现了大约18个说波利尼西亚语的社会，即上述的波利尼西亚异类。

波利尼西亚语言一般分为两个分支，汤加(汤加和纽埃)和核波利尼西亚(其余)。核波利尼西亚又包括萨摩-异类和东波利尼西亚。毛利而且夏威夷这两种东波利尼西亚语言被大约5000英里的海洋隔开，它们的关系似乎就像荷兰语和德语一样密切。波利尼西亚语言的近亲是斐济而且罗图曼，非波利尼西亚人语言居住在斐济维提岛西北的罗图马火山小岛上的波利尼西亚人所说的语言;与波利尼西亚人、斐济人和罗图曼人一起组成了中太平洋部落。关于中太平洋各语言之间的直接关系，已经提出了若干建议;其中大多数建议将中太平洋语言与瓦努阿图中部和北部的某些语言组合在一起，但这些建议仍然存在争议。

核密克罗尼西亚

密克罗尼西亚的大多数语言都是大洋洲语言，而且可能除了瑙鲁语之外，他们形成了一个相当紧密的亚群，通常被称为核密克罗尼西亚语。帕劳人，查莫罗人(马里亚纳群岛)，以及雅浦人(密克罗尼西亚西部)不是核密克罗尼西亚语言;前两种似乎是来自印度尼西亚或美洲的截然不同的迁徙的产物菲律宾而且，虽然雅浦语可能属于大洋洲语，但它有着复杂的借用历史，似乎并不容易与任何其他语言形成一个亚群。

异常的语言

雅浦岛就是其中之一有问题的这些语言可以被证明是南岛语，但与更典型的语言几乎没有词汇共享。这个类别的其他语言是恩加诺语，位于西班牙西南海岸的一个同名小岛上苏门答腊，和一些美拉尼西亚语．在最极端的情况下，一种语言是南岛语还是非南岛语的分类反复地来回变化，就像南岛语一样东南部的Maisin语巴布亚新几内亚(现在通常被认为是一种南岛语言，与巴布亚语言有很大的接触影响)。其他有争议或异常的语言有新不列颠的Arove、Lamogai和Kaulong，西所罗门群岛的Ririo和其他一些语言，圣克鲁斯群岛的Asumboa语言，瓦努阿图南部的Aneityum语言和其他一些语言，新喀里多尼亚的几种语言，以及努格内语和德胡语忠诚的岛屿在美拉尼西亚南部。泰雅族北部台湾是一种曾经被认为在词汇上高度异常的语言的一个例子，但现在它的独特性大大减弱了，因为研究人员发现Squliq方言(被选为泰雅族的代表)展品特殊的历史上的变化是由于“言语伪装”这一人类言语特征的形成。这一特征仍然保留在Cʔuliʔ方言群的Mayrinax方言中。